明代漕运，最开始是漕军负责。自洪武后，即安排漕军在运河周边屯田，并负责运输漕粮、维护运河等任务，负责的为漕运总兵。
洪武时期，京师在南京，漕运任务非常轻松；为了打击蒙古而向北方和辽东的漕运，洪武时期一直海运为主，最高时一年七十万石全靠海运。
永乐迁都北京后，开始时候是海运、陆运和河运并举，第一任漕运总兵为平江伯陈瑄，当时他管着运河、陆地转运和海运三部分人马，鼎盛时期的海运在他的调度指挥下，也超过了七十万石。
陈瑄是京杭大运河历史上一个开创性的人物，京杭大运河在他的手上真正成为了明清两代的大动脉。
这个人为人实心实意，做事事必躬亲。他先疏通了会通河，后来又创造性的利用北方大小河流山体，建了好些水库来储水，并建设水闸数百，保证旱季运河有水可用。在他手上，最终实现了大运河的三千里贯通。
陈瑄一手建立起来的运河管理制度、储水方法，浅船制造、仓储分布等等运河维护运营办法，一直用到了清末。
在他创立制度时，将漕军改为两部分，一部分维护运河治安，保卫运河安全的，仍称漕军；一部分改为专门运粮，称为运丁。
到万历年间，吃饷银的漕军数量无太大变化，一直在四万左右；而运丁由于在运河两岸繁衍生息，从最初的八万正丁发展到三十余万。
明代运河上共有漕船五千艘左右。一船十个到十二个运丁，二十艘船为一帮，互相监督并取保做结，称为漕帮，整个运河共有漕帮二百五十个。——后世所言的漕帮属于半地下的黑社会帮派，虽然也是漕丁组成，但成立于雍正时期。
这些漕丁承担着运输任务，加上备丁，满打满算不超过八万人。那剩下的二十多万漕丁干什么？给漕军军官、各级衙门官员种地——种的还是曾经属于朝廷的屯田或者是朝廷不承认的圩田，基本处于半农奴状态，苦不堪言。
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潘季驯上奏朝廷说，这治河使用的人力太多了啊。各地方征发劳役，耽误了田间农活，老百姓苦啊。既然朝廷有意用海漕了，那用不到的漕军和运丁俺潘季驯给包圆了——皇上，这些人未必够啊，您要严格要求各省、各地方，该征发的还得征发!
反对海运的官员一看这家伙跳出来了，立即集火攻击。说你吹牛呢，治个河能用五十万劳役？
潘季驯招架不住，征得朝廷许可，将原来分解下达的治河任务汇总起来，总计划发在邸报上，大伙儿一看，有一个算一个，全都直抽凉气——嗯，这点子人是不太够。
随即领了治河任务的地方官就红了眼，这可是双优异的抓手啊。要想双优异，最好办法是本乡劳役不征发，全用外来务工人员，这帐还算不清吗？
一个双优异，就给自家后代弄一个铁饭碗。原先一个荫子孙的恩典，干不到三品以上想都别想啊！
于是有上进心的纷纷写信给潘季驯：协理大臣潘侍郎大爷，您忘了吗？俺五舅老爷和您老人家同年啊，您别包圆了，给我个三万两万的，我这儿发动乡绅管饭，一天还发他们五十个大子儿工钱！
京师这边你来我往，争得热火朝天。《皇明南京日报》也不闲着，实时跟进，将双方论点都登载在报纸上并加以评论，虽然比京师消息延迟了五天，但江南市民还是大呼过瘾。发现这报纸真好啊，俺看完了、听完了，也能议议国家大事啦。
至于报纸上说的朝廷若用了海漕，将省下几百万石粮食，江南人都抻着脖子等朝廷给他们减负。
南京日报看似公允的立场，逐渐将双方胜负之势慢慢倾斜。而在报纸上开了专栏的王世贞，篇篇雄文如同匕首和投枪，最后终于把反对派在民间的舆论也打的溃不成军。
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万历三年十月底，张居正主持大廷议，经过一番讨论并报皇帝批准，朝廷终于出台了海漕政策，而这政策将最后的反抗也打的无影无踪：
朝廷议定，将每年漕运任务分成两半。一半本色，一半折色。
自万历四年开始，将二百万石本色分解成二十份，每份十万石，发包给有意竞标的海商；另外二百万石，全部折色——一方面为将来的一条鞭法打基础，另一方面促进货币流通。
海商若想做这份生意，每年缴纳一千两银子保险金，防着遇到蛟龙——即所谓的龙卷风。这保险金朝廷不收，由海商自主成立保险委员会，自行定损发放，但需要接受户部监管。
海商承运漕粮后，上船多少，下船也是多少，损耗自己承担。如果遭遇了风暴，保险金不足赔付的，自己赔，赔不出来，就破产清算，同时把承运商的资格倒出来。
朝廷就做三件事，一是地方政府把漕粮收上来运到码头；二是朝廷设立部门接漕粮，检验质量并发放运费；三是命令俞大猷以登州为基地，组建海巡船队，保护海运漕粮的安全。
这政策一出，天下凡是想洗白的大海商全都眼含热泪，高喊这一届皇帝好啊，皇恩浩荡的没边了也！我们立即响应号召，拿出一半的走私船，干漕运！
他们为什么这么有积极性？原来江湖中传言，只要能拿到漕运资格，将来就算朝廷大查走私，那还有一半儿的买卖能保住不是。鸡蛋不放在一个篮子里的道理，这些海商比地主都懂。
如此，最后只有运河上下的万余名官员把王宗沐恨到骨头里——你他娘的一个总漕，居然把本单位给干黄了！王宗沐啊王宗沐，我们一起艹你八辈儿祖宗！
这边刚骂完，朝廷关于他们的安置政策也到了，在户部下面成立海漕运粮司，专门管理海漕事务。由王宗沐加衔户部左侍郎兼管，同时从漕官中选择干练之臣一百三十二名员，进京当京官去。
这下子这伙子人也分裂了，为了这一百来人的海漕运粮司空缺，互相举报扯后腿，差点打出脑浆子。
令人啼笑皆非，而且万万想不到的是。朝廷改河漕为海漕，最后最遭罪的居然是都察院。一方面因为朝廷成立了“河漕改海专班”，又抽调户部、兵部和督察院等部门干员，十几个督察组进行确责、督办并查历年账本和积案；
另一方面——据左都御史葛守礼大人退休之后在笔记中记录，从万历三年一直到万历五年，督察院收到关于漕运官腐败的实名举报信，就堆满了两个大书架——一直等他万历五年退休，扩了又扩的都察院连一半线索还没查完。
而查贪查到手软的都察院，抄家抄到腿软的锦衣卫，最后对众多被揪出来的犯官说的最多一句话就是：你们再等等啊，只要再等三个月，地方不就多了吗？
他们的意思是指，到了万历三年年底，朝廷又在海漕运粮司下面，设置了京畿都漕运司，分了内外，内司在京，负责掌管通州到京师的陆运和仓廪的出纳事务；
外司负责直沽向通州的转运；同时海漕运粮司在湖广、松江、苏杭、福建、江西等地都设立了分支机构，负责地方漕粮转运到码头的各项交接和监督事务——全加起来一千六七百个空缺，在原来的河漕部门找相对干净的，居然没凑全。