视角回到四号机插入栓中，藤野重新从昏迷中醒来，颤颤巍巍地从浅浅的LcL液中站起，
“刚刚战斗服上的心脏起搏器已启动，且注射了一定量的肾上腺素，强制你的身体重新启动。”dragon系统报告着，两侧的屏障开启，亮出了里面放有LcL改进溶液的四支玻璃管，一条机械臂把这四个玻璃管拿起安装在藤野背后，随着“呲——”的注射声响，里面的液体全部进入到他的身体里面。
“真是感谢啊，dragon......”藤野将工具箱取出来到操作台前，拿着工具用力地拆卸着操作杆上的连接部件调侃道，“我最喜欢的就是你这样不会有任何关心的系统，能让我的耳朵清净清净。”他拆下了最后一块连接件，将操作杆给拿了下来，也脱出了一大堆连接在上面的电线。
“要用这个功能还真是麻烦。”藤野还有点手足无措，挠了挠头，可这时半损坏的屏幕里显出了四号机眼部捕捉到的零号机图像，它此时已经撞在了使徒的At力场上面。他知道时间已经来不及，所以一下子就将所有线路全部一股脑的撸了下来，用着自己的毕生所学将其中最为主要的干线全部找出，随后连接到箱中已经准备好了的由生物膜包裹着的神经连接电转信号管，将其锐利的一端扎入太阳穴中，同时将手伸入原操作杆所占的位置里固定住，使整个人即成为了驾驶员，又成为了魂之座。
“EVANGELIoN四号机，启动！”
躺在地上的四号机整个身体先是颤抖了下后，背部后面似乎显露出了微浅的五芒星At力场波纹，“嘭！”的一声爆炸，在地面留下一个圆坑的EVA便一下子立起，萎靡地低着头站在原地，嘴里发着低吼。
“四号机这是怎么回事？”美里急忙询问一旁的青叶茂道，但青叶茂含含糊糊地无法解释个一二三，而站在美里背后的律子则无力地倒下，前面是摔下的电脑——她想要通过mAGI的更高权限来分析目前四号机所发生的状况，可竟被禁止了。“mAGI在保护四号机。”她心中想，看向四号机的眼神变得呆滞，这并不是受到了什么惊吓，相反她在细细感受着，终于她感受到了，腾地一下站了起来，嘴里喃喃道：
“母亲......恨我的......”
“哈啊！哈啊！哈啊！”藤野只感觉有什么东西在吞噬着自己，让他全身发热，就像发高烧般控制不住自己的脑子，只想要发泄着心中的火焰，“砰砰砰......”他不停地用头猛击前面的屏幕，直到一滴血滴入到底下的残留的LcL溶液中时才勉强安稳住自己的内心：
“我的计划......马上就要完成了......可不能在这里失败！！！”
眼睛时红时白的四号机用仅剩的一只手将残缺的头部盔甲给拆下，张开失去束缚的巨口吼叫着，随后拿起掉在地上的刀冲向零号机，瞬间瓦解掉了其外部的At力场，冲入其中，极快地将零号机拿着N2爆弹的手掌给切下来然后用口接住，同时用手掌住零号机胸口。
“藤野君！”零看着那台已经残破不堪的挣扎的四号机，即使心中早有预料到，但眼角处还是流下了泪水，“你不能这样，你已经没法承受这一切了！你必须要活着，让我，让我来保护你，求求藤野君你，求求你......”
“抱歉了零，但......”四号机眼睛彻底变为红色，手掌处也闪出了逐渐增强的亮光，“这是我的责任！”
“再见，相信我。”
“藤野君......”零听到他的声音，视角前幻显出了藤野的样子。他那小小的身躯还是那么的坚毅可靠，微笑着，慢慢伸出他的手往脸颊上靠去，似乎想要揩去自己的泪水，可还没有接触到时，他的身影便如同泡沫般消失了，取而代之的就只有渐行渐远的四号机的背影以及黑暗的炽热的坑洞中——那并不是回收口，而是使徒用激光破坏产生的直通NERV最底层的大洞：
“我明白了。”零将脸颊上的泪水擦掉，眼神严肃地点了点头，双手又重新紧握住操作杆，操控着零号机向坑洞里掉下。
......
四号机的At力场到达了历史最大值，力场与力场的猛烈碰撞光辉在四周散射，同时N2爆弹的计时器也开始了最后30秒计时。
“啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊！”藤野嘶吼用力着，稳稳的使徒竟开始被推得往后开始移动。它在用那锋利的片手不断从各个方向切向四号机，可是却无法突破，眼睛发射的激光也被其At力场反射开来，让穹顶的建筑不断坠落在他们周围。
“砰！”四号机推动的速度越来越快，用使徒将落下的石柱和建筑一个个给撞断，同时也借此将其的At力场粉碎，最后停在了这地下都市的边界墙壁上。
“最后10秒。”dragon报告道。
“了解！”四号机整个脸部彻底放开，嘴里冒着蒸汽，眼睛绽放出了浓厚的深红，犹如一个恶魔般盯着使徒。它缓缓举起唯一一只拿着N2爆弹的手，随后“噗呲”一声，使徒的At力场被完全锤得粉碎，N2爆弹朝着其核心冲去，使徒突然把一层硬壳伸出，将核心保护在里面。藤野一惊，驾驶这四号机立马快速调整动作，把N2爆弹塞进其嘴里，还想要举起拳头敲进去，可是却没有时间了。
“轰隆——轰隆——”连续不断的爆炸声响起，巨大的蘑菇云忽然腾起，产生的光亮将整个地下都市的阳光给全部覆盖——这里不再是生机盎然，只留下了世界末日般的黄昏。
“成功了吗......”青叶茂看着屏幕里刺眼的亮光，下意识地喃喃道。随着亮光消减，在火光中的两个背影说明了一切，使徒的嘴部张得大大，看起来是被N2爆弹炸出来的，但它并没有选择恢复，反而借此一口将站在其前面奄奄一息的四号机给吞了下去，嘴里发出了“咯咯”的类似笑的声音。
“为什么使徒会吞掉EVA，简直闻所未闻？！”律子看着这一幕发出了感叹，但美里却敏锐地意识到了这个问题的答案：
“我们被摆了一道，这个使徒是有智慧的。”
“什么？！”
“使徒内部基因序号正在变为四号机的，所有武器系统锁定全部失灵！”
“基地自爆准备申请已提交，1秒、2秒、3秒......被驳回，mAGI永久拒绝自爆申请！”
虽然律子眼镜上倒映着屏幕数据，可依然无法掩盖住她那惊慌的眼神，此时的mAGI如同不受控制般进行着行动，而且一切都像不断地背叛NERV，那中对恨意的可怕开始填充满她的全部思想之中。“我不能被母亲杀掉，我不能被母亲杀掉......”她扶着脑袋，摇头并在心中默念着，俨然一副失去战斗力的模样。
......
“啊啊啊啊......”真嗣瞳孔震动着，盯着那微微颤抖的四号机正在被使徒缓缓吞下。
“真嗣。”加持沉重地发出了声，“我只能在这里浇水，做不了任何事情。现在能做到事的也就你一个人，而且你也肯定能做到——没有人绑架你，想想自己要做什么。自己思考，自己决定，不要让自己为了一时的‘幸运’而承担一辈子的‘不幸’。”加持从口袋里拿出了一个信封递给了真嗣，“总之，不要让自己后悔。”
真嗣打开了信封，上面的字体很熟悉，是藤野的：
“你好啊，真嗣君。虽然我没办法看到你最后一面，但我大概预测到你会来这里，所以我就拜托加持先生将这封信交给你。
首先谢谢你在这里帮助我们驾驶EVA抵御使徒。我也知道了你所造成的错误，但我并不认为那是个错误，这里面或许就有你的难言之隐。不过嘛，塞翁失马，焉知非福。你不是也可以不驾驶EVA了，对吧？大家也许会埋怨你，但我只感觉到很开心，因为你敢于实现了自己的想法。估计你能拿到这封信也是因为心中的犹豫不决吧，哈哈哈哈，不用担心了，这里有我，还有大家，会没事的！如果实在不行的话，我也会付出我的生命来保护你和大家的......勇敢地向前走，顺着自己的心！
有缘再见吧，真嗣君。 【竖个大拇指】”
“咔嚓，咔嚓......”捏皱纸张的声音响起，几滴泪水掉到了纸面上浸透进去。“顺应着自己的心，顺着自己的心，顺着自己的心......”真嗣低着头重复念叨，似乎每一次的重复都在给予着自己一点宝贵的勇气。他看到藤野已经做出了自己的选择，而现在，轮到他了。
“轰隆！”基地被使徒一个激光爆破出一个巨大的坑洞。在漫天闪烁的火光中，真嗣抬起头来，眼神变得前所未有的坚定：
“我知道了。”
他转过身来，丢下身上的所有东西，在草地上甩开肩膀朝着基地跑去。
......
“第三基部直接被击中！”青叶茂报告道。
“最后一层装甲溶解，主垂直沟完全暴露！”日向诚报告道。
“主垂直沟是完全通向中央教条的，它的第一目标是我们！”美里分析着，然后赶忙下达命令道，“通知所有人紧急撤退，速度要快！”
“撤退！撤退！撤退！撤退......”
律子被广播里一阵阵的喊叫声给“吵醒”，颤颤巍巍地站了起来来到伊吹旁边问道：
“初号机，初号机还不能启动吗？”
“不行！傀儡系统还是被拒绝！”
“那就继续第108次测试。”已经站在操作的林东旁边的碇源堂继续命令道，那语气丝毫没有半点惊慌，也没有一丝肯定，仿佛这一切对于他来说毫无关系般。
“是！”与碇源堂相比，林东脸上则流下来了些许冷汗，手抖地继续操作着，但并没有阻止那红屏继续闪烁——嘲笑着所有人那无谓的举动。
“请让我来驾驶！”一股清澈的年轻男声冲破了单一的警报，让所有人纷纷向着声音来源看去——真嗣正气喘吁吁地站在铁板上大口吸着气，而在他后面的则是本该撤退的维修部的引导人员。他扶着膝盖，胸部大幅度地不断起伏，嘴里难受地吐道：“请，请让我，驾驶这台初号机！”
“你为什么还会回来。”碇源堂缓缓转过身来看向真嗣，父子俩对视着，那冷峻的氛围一瞬间将周围的空气所凝固，两个人只是在那毫无意义地僵持着。林东只感觉这幅场景似曾相识，不过不同的是，真嗣却主动用紧张地热气融化了空气间的冷清：
“因为......”他握了握拳头，猛地抬头看向碇源堂，“因为我是EVANGELIoN初号机的驾驶员，碇真嗣！”