定隆十三年二月，马文慧剿抚事宜时间已到，也业已基本完成使命。二月五日返回行在复命。而此时北疆局势更加凶险，江淮和江北基本沦陷，江南也常遭蹂躏，可战的军队将领损失殆尽，皇帝忧心如焚。在孔凌海建议下，皇帝先嘉奖马文慧定乱之功，将其所部改为宁海军，纳入御前诸军，马文慧为都统制，同时由宁海军观察使直接升为宁海军节度使。
二月十三日，又以前方军务紧急为名，升其为江淮沿海沿江闽浙路安抚制置使，节制东南各部军队，筹划东南防务，便宜行事。其余职务如故。
马文慧的职务在节节提升，但他丝毫高兴不起来，面对狄羯的进犯，官军是处处溃败，他根本无力回天。而此时，名义上归属于他指挥的东南各部军队加起来有三十余万人，他直接指挥的和杜航所部加起来只有七万人，而其中只有一半是精锐，其余都是刚刚招募训练完成的。
而其余军队中，他并不熟悉，但据孔凌海和他的交流，得知三十余万中能战的也最多不过十万，且将领习性不一，颇难调动。孔凌海还告诉他官军将领中以曹允恭和杨廷杰部战斗力最强和敢战。而这两人中，曹允恭出身名将名门之后，为人忠义谨慎顾大局。祖父在川陕出生，父亲也出生在川陕，后来转战江淮，后病死。
其兄曹允谦定隆八年在与狄羯的作战中战死，妻子刚烈也殉节自杀。其家中留下两个只有六岁和五岁的侄子，交曹允恭照顾。可去年曹允恭最爱的发妻也去世了，两个侄子就由他照顾。两个侄子一个叫曹定昌，三岁，一个叫曹祥昌。曹允恭一边作战训练，还得找人照顾孩子。
而杨廷杰粗鲁，倒是也还有些忠义之心。
临行前，马文慧再次拜见了孔凌海。
孔凌海忧虑的问道：“文慧兄能坚守多久，可有把握。”
马文慧：“如若上游无事，可在江淮江南相机攻守，则尚可维持一年。但如今上游漏洞百出，下游断难死守，最多三个月，少则只有一个月。”
孔凌海：“这么短，没有其他办法了吗？”
马文慧：“大势已定，无力回天。属下在江淮江南以进为退以攻为守，请相国则在行在竭力劝说皇上迅速南下，先退往浙南，再进入闽地。切记撤退不可走海路，还有撤退时候务必坚壁清野，将人口财富等尽力南移，避免将这些物资、人口资敌。”
孔凌海：“本相自当努力周旋，还望将军尽力拖延，哪怕是为撤退多争取一些时间。”
马文慧：“属下竭尽全力。”
定隆十三年三月一日，马文慧正式在建江府督军视师，在场的许多将领对这个外来的统帅是持怀疑态度的，但朝廷有命不得不执行。马文慧客套一番后也直说：“马某上任，诸位疑虑，可以理解，无奈皇命在身，不得不如此，望各位见谅。”
随后说：据探报，狄羯此次从两淮南下，主攻庐州，并开始点将部署：
张利海率水军从外海岛屿袭击狄羯部后方，以骚扰牵制敌军，顺势侦察，时机许可则接应江淮义士流民南下；
崔子建率步骑兵两万人出芜湖攻庐州，吸引敌军主力；
杜航、王弘博各率万人为崔子建左右翼；
官军淮西安抚使曹允恭、淮东安抚使杨廷杰部三万人绕道后方，与崔子建等部合围敌军；
官军张决、贺靖部共三万人出海陵，攻楚州为牵制；
马文慧自率中军一万人策应；
其余各司其职，留守城池，同时严防狄羯部迂回，扼守池州、饶州一带。
马文慧这样的部署，很明显是要希望以自己的拼死实践换来各军的忠诚和听命。对此，崔子建、杜航等嫡系很明白，但怨言还是有的，散帐后都对马文慧抱怨。
马文慧明白他们的苦衷，说：“我知道大家的辛苦，但我们没有办法啊，唯有拼死一搏。如果拼死一搏有成效，那我们就能得到敌人和队友的尊重，撤退也方便。如果无法取得一定的成果，反而有可能被敌人和队友内外包了饺子的。”
马文慧的掏心窝子的话，崔子建、杜航等理解了，均表示愿意拼死一战，马文慧对此衷心表示感谢，随后让他们去早做准备。
马文慧还和张利海交代，告诉他此行的任务实际上是占领江口外的崇沙岛，并坚守之，同时可适当攻击北部沿海的朐山、涟口，打开一条口子，让淮北和江淮流民从东面进入崇沙岛，进而转移到北武、虎岩岛。
同时，马文慧请杨筱婷、常丽玲进来。
告诉常丽玲：“丽玲，你和张利海一同行动，他进攻朐山涟口，你在崇沙岛招抚安顿流民，然后安排他们迅速南下飞扬岛。现在是三月，坚守最多三个月，然后你和张利海率主力再回来。”
言毕，又对杨筱婷说：“婷妹，你率千余精兵和曹翰卿、王敏恺等整理建江府一带所有财物、人口等，将愿意南下的人口和财物及所有能搬走的东西全部出海转移到宁光岛一带。对了，建江府还有行宫，珍奇珠宝金银首饰也不少，你们也进去，能带多少算多少，也算是我给你们的礼物了。”
杨筱婷、常丽玲则说：“我们走了，大哥你怎么办？”
马文慧：“你们不用管我，我自有办法，我会全力为你们撤退争取时间，你们要好好保重，我们完了在会安府会和。”
杨筱婷、常丽玲此时发现一向冷静的马文慧此时也脸色凝重，似有泪花而出，她们不忍心与马文慧分离，但也没有办法了。而马文慧也深知此战凶多吉少，他能做的只有率部奋力厮杀，争取时间了。
三月二日，崔子建、杜航、王弘博等相继开拔，官军各部也陆续开拔。马文慧则对着地图仍然在思索，他担心的主要还是狄羯迂回。遂下令顾琮峰领军五千驻守祁门一带，地处池州、饶州略后的位置，交代他万一有事，必须死守祁门一带。三日，马文慧领中军精锐也逐步北移。
五日，崔子建部主力抵达庐州紫山一带，两翼友军也抵达庐州外围的肥西肥东地带隐蔽。崔子建抵达庐州后，见当地地形基本是盆地，便将主力分布在盆地外围，扼守水陆要道修筑工事。然后派兵前去袭扰狄羯军。
八日，狄羯军自南下以来一路是势如破竹，万分骄横，不想却遭到了骚扰，大怒。于是狄羯前锋部速哈儿率领三万步骑孤军南下。
得知狄羯前锋南下后，崔子建令游骑诱敌深入，引入盆地埋伏圈后，以弓弩手封锁出口，切断敌军水源粮道，然后亲率主力万人死士与敌军血战，双方从早到晚大战多时，死伤均很惨重。狄羯部战斗力着实强悍，崔子建部始终无法全歼。正待此时，杜航、王弘博也率军赶到，彻底锁死了狄羯速哈尔部。趁夜，杜航、王弘博部发动突袭，狄羯部再度死伤惨重。然而到次日晨，狄羯后续两万增援部队开始陆续抵达包围圈外围，崔子建等部反有可能被包围。
崔子建下令今日必须全歼速哈儿部，否则极有可能全军覆没。战斗到中午，速哈儿部三万人除速哈儿等逃走两千余人外，基本被全歼。
然而不等崔子建等人清理战场撤退，狄羯各族部队的援兵已经基本赶到，崔子建、杜航、王弘博部只能再度死战，逐步向南撤退，到入夜时，崔子建等部几近力竭，正待危机时，狄羯部攻势减弱，崔子建随后得知是官军曹允恭、杨廷杰部援军三万人从侧后迂回到了狄羯后方，向其发动了攻击，崔子建等立即下令全军转入反攻，夜晚的天空也被火光和厮杀声所掩盖，到清晨，战斗基本结束，狄羯援军两万人一半逃走，一半被歼。惨烈的庐州野外攻防战基本结束了。随后还有几日的小股袭扰和清理战斗，但规模不大，一直持续到十五日。
从三月五日到十五日的庐州野战，崔子建、杜航、王弘博部四万人马，毙伤俘敌总计两万五千人，缴获兵器等两万余件，战马五千匹，然而自身损失也高达一半，四万人的主力只剩下两万人了，五千骑兵只剩下一千了。
官军曹允恭、杨廷杰部三万人，歼敌一万余人，缴获兵器一万余件，战马三千匹，也损失五千人。此战论野战的战斗力和作战意志，官军比马文慧这些流民军强不到哪里去，但是器械精良，尤其是拥有精良的火器，给狄羯军重大杀伤，也让马文慧等人羡慕。因此马文慧密令以后如遇撤退要抢运物资时，军械与粮食同样重要，甚至要高过粮食。
此战是马文慧所部第一次真正的与狄羯各族的主力军队进行了正面的野战交锋，虽然战斗意志方面，马文慧这些流民军并不弱，但狄羯军甲轻、善骑马，力大，不惜命，豪勇自如，善于进退。而且其长矛穿刺力强，箭矢常涂有毒液，火器也不错，战斗力是十分强悍的。马文慧战后下令要多学习狄羯军的战术，兵器方面也要学习。
此战损失不小，不过马文慧也缴获了一些代北狄羯和西域的良马。还有一些精良的兵器，然而更重要的是在此战中马文慧俘虏了一个狄羯从三品大员，名叫速烈温。
据俘虏介绍，此人才兼文武，精通汉语、西域语言和狄羯语言，通晓阴阳地理，还曾跟随军队出征西域、邢国和乐东国，非常有才能。
马文慧曾想劝降他，但是速烈温不从，多次求死，马文慧派人严密看守，不管到哪儿都必须带着他。
十七日，马文慧等抵达庐州，与崔子建、杜航、王弘博、曹允恭、杨廷杰等会面。
行礼后，不待各部报告战况，马文慧就说：“将士们辛苦了，本帅已经知道大家的艰苦。”
同时走到曹允恭、杨廷杰前，拱手作揖感谢道：“幸赖将军增援及时，否则此战难以预料”。
曹允恭、杨廷杰对马文慧突如其来的感谢大为惊讶，也受宠若惊，连忙还礼致谢。
然后马文慧说：我已经上表朝廷，给各位封赏。上报曹将军为威安军节度使，杨将军为怀远军节度使，同时令人从府库拿出白银两千两，钱十万贯劳军。
曹、杨二人更是大为感激，行军礼道：“为大帅效命，万死不辞。”
他们想自己多年来在江淮征战镇抚，也就是到了个安抚使都统制，如今一战便成为节度使，着实不易啊。
对自己的嫡系崔子建等，马文慧说：“我也上报朝廷，请皇上、相国加封。”崔子建等知道马文慧的用意，也不再说什么。
随后马文慧问计道：“各位以为接下来如何呢。”
崔子建等主守，曹杨二人主攻，主张顺势攻击到淮南。
马文慧是主守的，但不便反驳曹杨二人，也就主攻，下令三日后，曹杨二人为前部攻击淮南，但也嘱咐他们一定要小心。同时令崔子建等在庐州一带加固城防，做坚守准备。
从二十日开始，狄羯部再次大举南下进攻庐州，这次马文慧不采取野战的办法，因为他的野战部队已经无力再大规模野战。而是凭借城防工事死守城池，夜晚则派小股部队袭扰。城池攻防战持续了约一个多月，庐州依然没有被破，但也损失惨重。而这时候即四月三十日，马文慧得到消息，官军张决、贺靖部三万人反攻楚州失利，一战击溃，不过倒是跑得快，有两万人逃到了江南。而此时狄羯部从淮东已经一路南下，逼近扬州、康江。马文慧得此消息，急派人传令曹杨二部从淮南进攻中返回庐州。同时下令继续坚守庐州三到五日，等待曹杨二部。
正在前锋攻击颇为顺利的曹杨二部得到马文慧撤退令后，杨廷杰大为不解，以为马文慧害怕自己立功。而曹允恭则在旁说道：“恐非如此，马文慧待我等还是真诚的。如今急令撤退，必是庐州危急。”正待此时，探马来报，狄羯部已经出现在其后方，曹杨大惊，立即下令全速撤军返回庐州，片刻不能犹豫。
五月五日，曹杨二部终于摆脱各种围追堵截，抵达了庐州城。入城后，曹杨向马文慧请罪，马文慧没有责怪他们，说道：“不怪将军，回来就好。”然后紧急部署撤退事宜。
下令今夜迅速南下突围，再不撤退就会彻底被合围了。
五月八日，马文慧率崔子建、曹允恭等残部三万余人南撤到了建江、康江一带。总算是赶在狄羯之前回到了建江、康江一带。次日，张决、贺靖及其残部来到了建江府大帅府。马文慧十分痛恨他们，众人也请求将其处斩，马文慧也确实想，但碍于自己的身份不敢轻易处决，只是先行监押，上报朝廷。同时让精通文墨的董衡辅将战况如实又巧妙地报告给孔凌海，请他上报皇帝决断。同时，立即部署江防和撤退事宜。而狄羯部也已经零零散散的开始攻击江防。同时，张利海部也密报马文慧，朐山涟口收复，但成为孤城，孤悬淮北，无力支撑，崇沙转移而来的两淮和北方流民民众先后有八万人，大部分转移到飞扬岛。他决定放弃朐山涟口，沿海南下转移到江阴、平江一带，扼守长江出海地带。马文慧同意，派人告知他可相机而行。
五月十二日，圣旨下发，大意是：
马文慧御敌有功，劳苦功高，升太尉；
曹允恭、杨廷杰杀敌有功，封威安军、怀远军节度使；
崔子建、杜航、王弘博等杀敌有功，均封观察使；
张利海牵制有功，封防御使；
立功将士赏金赏物由孔凌海、马文慧拨付；
张决、贺靖损兵折将，流放黔州，余部交马文慧处理。
在会上，马文慧将张决、贺靖所部剩余两万余人分别平均并入曹、杨、崔、杜、王等部。同时告诉他们要注意安抚这些败兵，不要让他们生出新的问题，给自身添乱。同时还给各部补充了一些兵器等物资。
之后马文慧令人拿出五千两黄金分给了崔子建、杜航、王弘博、曹允恭和杨廷杰，说：“这是我个人给弟兄们的，一人一千两，大家不要嫌少。”众人都不敢拿，马文慧亲自发到他们手里说：“这是我流亡海外多年所攒下的一些私产，不是公帑，大家放心。”马文慧硬要给，众人也就恭敬不如从命的收下了，并表示为大帅，不，太尉效忠。
马文慧摆摆手，然后问道：“现在我等该如何办，弟兄们有何想法啊。”
杨廷杰是个粗人，勇武善战，直言不讳地说：“太尉说啥就杀，我们跟着别无二话。”
马文慧回道：“将军英勇。”
崔子建：“建江、康江一带城防坚固，应该可以坚守一些时日，但狄羯部骁勇善战且诡计多端，还是得以防万一，末将主要担心西部池州一带和东部平江一带。我认为还是应该谋求逐步南撤，保存有生力量。”
其余人都表示赞同。随后，马文慧命众人回去歇息，部署防务，告诫务必小心。众人都走后，曹允恭悄悄留下来，马文慧看到后，知道他有事，对
他说：“将军还有何事啊”。
曹允恭：“太尉，如今乱世，山河破碎，太尉手握重兵，朝廷如有疑心，该当如何啊。”
马文慧：“是啊，当今乱世实非我们所愿，然食君禄必忠于事，当竭尽全力报效。”
曹允恭：“太尉忠心，我等钦佩。然朝廷不免有小人猜忌，虽说目前孔相支持太尉，但其他人和皇帝多疑太尉拥兵自重，何以处之啊。”
马文慧：“将军有何良策啊？”
曹允恭：“身在乱世，忠心报国自然可嘉，然而也不能不为身家计。末将认为兵权必须抓紧。只要太尉有这支军队，就一切好说。”
马文慧：“嗯。”
曹允恭接着说：“太尉目前名义上统辖的军队除了战死的弟兄们之外还有约近三十万，除去后方部署的尚有二十万。只要这二十万听太尉的，就足可安身立命。”
马文慧：“将军心意，我心领了，目前国难当头，还是先谋求退敌吧。听说将军有两个侄子，是吧。”
曹允恭：“是的，一个叫定昌，一个是祥昌。分别是六岁，五岁。”
马文慧：“那将军很辛苦啊。”
曹允恭：“是啊，嫂子和妻子均已经去世，我只能两头兼顾了。”
马文慧：“如今战事艰难，兵荒马乱，将军拖着两个孩子多有不便。如果有什么万一，将军怎么对得起死去的令兄啊。”
曹允恭：“是啊，可是我也没办法啊。”
马文慧：“如果将军不嫌弃，我让人将两个孩子转送给后方。我以性命担保两个孩子的安全。”
曹允恭：“这有些不合适吧。”
马文慧：“大家都是袍泽，不必如此。”
曹允恭：“那末将就谢太尉了。”
随后曹允恭将两个侄子交给了马文慧，马文慧派亲军走海路将孩子转运宁光岛，然后送到海山洲，交刘婷娜照顾。
曹允恭内心感谢马文慧的照顾，自己的侄子是已故兄长唯一的骨血了，他不能让侄子有所闪失。让马文慧带走也许会有被要挟的可能，但至少比落在狄羯手里强。曹允恭也知道马文慧在隐藏，但实际上已经知道了马文慧的意思。退出后就已经在暗中策划了。马文慧也明白曹允恭在向他表忠心，但他也确实希望能在乱世手握军队，进退都有余地。
之后的几天里，马文慧所部一直加固城防，并派船只巡视江面，准备敌军可能的进犯。十五日，狄羯部开始从水陆两面猛攻建江、康江、晋陵一带。幸亏其有所准备，加上城防坚固，物资比较充足，一时敌军还未破城，但谁都知道无法长久坚持。死守了半个月后，到六月一日，马文慧得报：池州、饶州寡不敌众，最终失守，守军非死即俘。顾峰琮率部救援不及，被迫退保宣城。当晚，马文慧紧急部署：建江、康江、晋陵一带必须紧急撤退。
马文慧要撤退，有一些军队是不情愿的，马文慧已经没有时间和他们解释，也解释不清了。
当夜，马文慧面对不愿撤退的士兵们说：“弟兄们，敌军已经绕道我们的后方而来，我们必须撤退。我不勉强大家，现在府库里还有二百多万贯，你们如果谁想回乡或者不想打仗的，交出兵器后，每人发五十贯。愿意跟我走的，就跟我走，我会向大家保证，只要我在一天，一定不会饿着弟兄们。”
听到马文慧这么说，有一些人开始脱离队伍。对此马文慧并不意外，就在这时，曹允恭、杨廷杰、崔子建等示意一些中级军校出来说：“弟兄们，现在兵荒马乱的，狄羯部四处掠夺，我们就算有钱也没地方安生啊。”
众人一听都在交头接耳，不住地有人点头表示同意。
“我们跟着太尉走，与狄羯部决一死战！”
然后众人一窝蜂响应起来了，听到有人这样喊，马文慧心里自然高兴，但也害怕，立即说道：“精忠报国，决一死战。”众人随之呐喊。
之后马文慧开始部署撤退计划：
杨廷杰率水陆军增援晋陵一带，向北攻击，牵制敌军，让人员物资撤离；
曹允恭、杜航向西增援宣城一带的顾峰琮；
崔子建、王弘博等率军与马文慧正面向南突围。
在从建江撤走前，马文慧无奈火烧了建江城，能拿走的全部拿走，拿不走的全部付之一炬。
马文慧是个非常喜欢兵器的人，他从武库中精挑细选出了十余把宝刀宝剑，还有长枪，以及钢鞭、双锏等。
马文慧与曹、杜、杨约定最迟半个月到二十日后在行在外围之独松关会和。还下令毁掉建江城，不给敌军留下任何给养物资，避免资敌。对此马文慧极为不情愿，但是在是无奈。同时告诫各部，无论谁先到达独松关，必须死守，万不可轻易再撤，违者军法从事。
当日夜，杨、曹等部连夜开拔，马文慧也在随后掀起了大规模的出城冲锋，杀退敌军几里后，迅速入城南下撤退。
撤退的过程是惨烈的，到次日拂晓，马文慧、崔子建、王弘博及马文慧的亲军李宇新等拼死杀出城外数十里，总算暂时撤离了出来。撤出来后马文慧清点人马后发现，突围时自己率领的军队总计五万人，包含一些新编还没有多少战斗力的，但突围后减少了约一万人。之后的几天里，马文慧一路向南撤退，虽然没有遇到多少追兵，但是沿途所过之溧阳、广德、湖州等地均是一片狼藉。这些地方虽然没有直接遭到狄羯部袭扰攻击，但前线多年战事，后方根本不可能安生。
十日，马文慧所部抵达湖州安吉，然后，令崔子建率一万人先行赶到独松关据守，修缮防务。第二日，马文慧令王弘博率三千人在安吉留守，等狄羯部进攻时略做抵抗就撤往独松关，然后也南下独松关。
六月十二日，崔子建部抵达独松关，当地守军约两千人。三日，马文慧率主力两万人抵达独松关。
十四日，曹允恭、杜航部约一万多人也抵达独松关，十六日，杨廷杰部剩下约一万人完成掩护任务后，也南下来到了独松关。
十六日夜，马文慧部主力约近五万人均抵达了独松关。其余各种军队还有五六万则分别部属在周围地区。因为独松关地处行在外围，已经到了行在的地界，故而他告诫部属一定要谨慎。次日，马文慧接到旨意，让他即刻赴行在议事。对于招他议事，马文慧是有所准备的，毕竟江北地带已经落入敌手了。属下曹允恭、崔子建等都不同意马文慧此时返回行在，认为有风险，起码应该率军返回。但马文慧执意只和杜航、李宇新率亲军千人返回，命他走后，崔子建和曹允恭共同掌军，遇事要谨慎商量。
十八日夜，马文慧抵达行在，先见到了孔凌海。寒暄一番后，不等孔凌海说，马文慧就说招他回来，是不是要处分他，孔凌海连忙说不是，不过也承认确有人对他进行诋毁，罪名很多，有畏敌，作战失利，趁机大发横财转移物资等。对这些，马文慧早就有所耳闻，而且他确实也转移了不少。皇帝对这些有所相信，但也知道目下无人可用。马文慧心安了一些。
十九日，马文慧觐见了皇帝，重点说明江淮江南失守的原因，军心不振战斗力薄弱是主要原因，也说明上游和赣地、江州失守，他侧翼完全暴露。如果继续死守江南，敌军趁虚而入行在，将罪莫大焉。
在孔凌海周旋下，马文慧此行有惊无险。
同时，马文慧再度极力要求朝廷南迁，但孔凌海表示虽然他磨破了嘴皮子，但朝中有人就是反对，而且有人主张投降，皇帝是左右为难，也有投降的意思，但还没有固定的意见。马文慧大失所望。
二十日，马文慧连夜返回独松关。马文慧向属下说明了情况后，所部大为不满，马文慧也确实很失望。于是他开始新的部署。
命王弘博南下，将外围的驻军都逐步下令南撤或者东移到嘉兴、海盐一带，由他指挥，紧急搜罗各种船只，准备入海南下；
命曹允恭驻守西部天目山一带，相机抵抗，保存实力。
崔子建明白马文慧已经很伤心，这样的部署实际上是有些消极抵抗，准备略做抵抗就撤退，保存实力。但是马文慧还是不愿意如此，期间，多次派人联络孔凌海，希望他说服朝廷尽早南撤，但都没有结果。
从六月到八月，战事相对处于沉寂状态。对此，马文慧深感不安，马文慧不断下令要严加戒备，同时让王弘博转移人员物资到外海岛屿，他早已安排好了张利海在沿海重要岛屿接应。统一集结在飞扬岛、宁光岛一带。据张利海、常丽玲、王弘博的报告，杨筱婷也在五月转移到了宁光岛，之后在宁光岛、飞扬岛一带来回穿梭部署。
根据他们的报告统计，从三月到八月，从内陆转移到飞扬岛、宁光岛的人口大约有三十万，有一些是自愿的，有一些实际上是军队强迫转移的。
这些人口中，精壮者十余万先后都转移到了海山洲。粮食有二十万石，金银上万两，钱一百多万贯，布帛绸缎十余万匹，还有许多珍宝器械图书及铜铁耕牛牲畜等，总之各类东西无所不包。
这些转移的东西，马文慧知道有的是转移的，有的是抢劫的，有些他知道，有些他不知道，怪不得有人弹劾他是边打仗边发财，但他没办法，所以就睁一只眼闭一只眼了。
九月，狄羯部突然大举进犯，独松关、天目山都遭到了攻击，而且江南东路其余地区都遭到了攻击，马文慧是措不及防，加上他手上的机动兵力有限，根本无法四处分兵守卫。只能固守独松关、天目山一带。
坚守约半月后，马文慧令曹允恭放弃天目山，立即南下行在，他也准备放弃独松关，南下保卫行在。而此时的行在，御敌之策基本已经让位于投降了，孔凌海无能为力，多次向马文慧求援。
九月十六日，马文慧率主力南下，次日抵达行在。而这时的皇帝和大臣普遍还在犹豫，但大多准备投降。
十八日，孔凌海、陆善瑞、陆君善、马文慧等主战派是百般劝说，但皇帝还是犹豫不决。马文慧和枢密副使陆君善主张即便不能保全行在，也绝不投降，要撤往浙东，哪怕退往闽广，甚至是海山洲，也要继续抵抗。
在御前会议上，马文慧提出了一个比较详细的方案，说的是慷慨激昂也是声泪俱下。他说：“虽然狄国一路势如破竹，但江南臣民均对狄国感到畏惧，也生出仇恨。如能妥善招募晓以大义严加训练则足可以为精兵。即便不成，行在和东南各地及荆湖幅员数千里之地，金帛不计其数。足可以步步为营抵抗。再无力抵抗，也应有序撤退。臣请督率精兵拼死抵抗，拖住敌之锋芒，请陛下及宗室并行在及两浙财富迅速南撤，先撤往闽海路。若局势进一步恶化，闽海路不守，则动员所有船只将人口财富撤往海山洲。海山洲土地膏腴，山海环绕，足可以为久居之地。只要陛下在，则民心一日不散。万万不可投降啊，一旦投降则民心皆散，局势万难收拾。昔日五胡乱华，晋室退保江南，尚能维持百年。今日我之局面虽艰，但有利之条件数倍于昔日。如能退保闽海或者海山洲，进可以待时机反攻狄国，民心必然向我。退可以以闽海及海山洲为基地，保留宗庙，偏安一隅。”
虽然马文慧说的头头是道，也是义正辞严，但是皇帝和大多数大臣沉迷于安乐窝中已经太久了，早已经破胆，根本不想也不敢抵抗。无奈之下，孔凌海、马文慧密谋劫持皇帝南下。他们是可以做到的。行在周围的禁军没什么战斗力，有战斗力的只有万人左右，其中半数以上是马文慧当年收编的悍匪盗贼改编，后交由孔凌海节制来保卫他，统率是李如节。但是出乎意料的是，在孔凌海、马文慧密谋兵变劫持皇帝的同时，皇帝受到群臣蛊惑已经在二十日突然下发诏命投降，让孔凌海、马文慧措手不及。
定隆皇帝和朝廷的突然投降，让马文慧等措手不及。马文慧急令崔子建部放弃所有阵地和城池，立即转道先向行在集结，然后向东南方向的会安府前进。这里曾是孔凌海做地方官的地方，也离宁光岛很近。同时无奈之下，孔凌海、李如杰等干脆一不做二不休，建议趁狄羯部还没有进入行在，纵兵抢劫行在附近地区。
临行前，马文慧希望裹挟一些皇室成员南下，但是皇室成员竟然大多不愿意南下，只有极少数人愿意南下。孔凌海、马文慧不想强求，同时认为这些人反而是累赘，就让愿意南下的跟着大军撤离。同时着重派人将行在的工匠及各种军械抢运了出去，尤其是火器。此外在一片慌乱之中，董衡辅建议马文慧重点将一些图书典籍和案卷礼器也带走。马文慧虽然也读过书，但一直忽视这些。已经是危难之中了，马文慧不理解董衡辅为什么还要这些。
董衡辅说：“太尉，粮食可以再种，人可以再生，兵器可以再打造，这些都是能够再生的。可这些图书、典籍、名画、礼器等都是无法再生的，失去了着实可惜啊。另外就从实际的方面想，万一我们日后有要打点官府或者交好贸易他人他国的时候，没有了金银，这些东西也能排得上用场啊，或许作用还更大，你说呢。”
董衡辅一语惊醒梦中人，马文慧明白了，下令赶紧将皇宫所有的珍贵的东西都抢运走，实在抢运不走的就烧毁，他对狄国已经恨透了，不愿意让狄国得到这些。而为了转运这些，马文慧让李宇新率亲军帮着抢运，先运往会安府，或者出海运到宁光岛，然后再运往飞扬岛然后转运海山洲。
对于皇帝的突然投降，马文慧内心是十分辈愤，但却无可奈何，他曾哀叹道：“国家尚有荆扬两广川东之地，幅员数千里，民户千万，兵甲器械金帛无数，如今一朝废弃，可惜，可惜啊。我国今日不在于无人无兵无钱无粮，而在心志全无。国家承平上百年，重文轻武，畏敌如虎之病早已深入骨髓。能胜而先忧其败，有可强之势而自贬以趋弱。悲哉痛哉啊！”
马文慧无力阻止皇室的投降，更无力改变这些懦弱的人，只能是竭尽全力收拾残局，尽量将生灵转移，避免他们被狄国人屠戮。在撤退的途中，因为时间紧张，慌乱是在所难免的，也会有无辜死伤，这是无法避免的，但是马文慧下令军队不要屠杀平民百姓，尽量将其驱赶到南方，然后转移到闽海路一带。对于物资的洗劫，马文慧强调重点是将皇室、府库和富商的物资洗劫到浙南、闽海路一带。至于金银首饰也被纳入了劫掠抢运行列，很简单，马文慧的这些弟兄们跟他作战这么长时间，经常欠饷，只能借此弥补了。另外就是给妻子也带回去一些，弥补当年的缺憾了。孔凌海、李如杰答应了。但具体执行中，仍然不免手段激烈。
之后的半个多月里，行在周围地区是一片狼藉，马文慧和李宇新率亲军多次杀一儆百，起到了些效果，但作用有限。同时，孔凌海考虑未来需要一个皇帝做陪衬，派李如杰率兵裹挟了一批皇室宗亲南下。
十月十五日，狄羯部进入行在及其周围地区。
在之前两天，崔子建、曹允恭等部也都脱离了危险地带，率领主力和各路残余军队约八万人摆脱了追击，十月二十日，来到了会安府。
孔凌海、马文慧、李如杰等部约二万人和裹挟的约上万名宗亲、抵抗派官僚等来到了会安府。
同时经过一个多月的紧张且慌忙的抢运，马文慧将礼器上百件，图书典籍案卷文献等七万余册全部都运走了。
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