魏忠贤下命令：“许显纯，对杨涟换个大刑折磨。”
“九千岁，小的遵命。”许显纯阴恻恻地一笑，对两旁的锦衣卫吩咐道：“拿布土袋来。”（布土袋，是指把布袋里装满土。）
锦衣卫们应声而动，拿起一个布土袋，压在杨涟身上。
杨涟的呼吸越来越困难，但他还是咬紧牙关，不肯求饶。
许显纯冷哼一声：“杨涟，你这狗东西，还挺有骨气。不过，你以为这样就能挺过去吗？”
杨涟艰难地抬起头，眼中满是不屈：“许显纯，你这狗贼，有本事就杀了我。我杨涟堂堂正正，绝不会向你求饶。”
许显纯脸色一变，怒声道：“你还敢骂我，既然你这么嘴硬，那就别怪我让你生不如死。”说着，他又命令锦衣卫加重了布土袋的重量。
杨涟的脸色变得苍白如纸，但他依然没有求饶，只是用虚弱的声音说道：“天理昭彰，善恶有报。你们这些奸贼宦官，迟早会遭到报应的。”
许显纯听了，更加愤怒：“杨涟，你这是在诅咒我吗？好，我就让你尝尝更厉害的酷刑。”
杨涟此时已经无力说话，但他的眼神依然坚定，仿佛在告诉许显纯，他绝不会屈服。
“怎么样？求饶吧！只要你求饶供出东林党有罪，我就放过你！”许显纯得意地说。
杨涟艰难地喘着气，“你……做梦！”
许显纯恼羞成怒，“好！你敬酒不吃吃罚酒！”他拿起一根铁钉，叫锦衣卫钉入杨涟的耳朵。
杨涟痛得惨叫一声，但他还是没有屈服。
许显纯更加疯狂了，“我看你还能坚持多久！”
“来人啊！给我把这根大铁钉钉入杨涟的手臂！”他恶狠狠地命令道。
随着一阵剧痛袭来，杨涟的手臂被铁钉钉入，鲜血四溅。杨涟惨叫一声。
“继续！把另一根大铁钉钉入他的头顶！”他的声音中透露出无情和残忍。
一根大铁钉被一名锦衣卫拿着锤子，钉进了杨涟的头顶。
杨涟强忍着剧痛，试图保持清醒，但最终还是支撑不住，倒在了地上。他的眼神中充满了悲愤和不甘。
“这锦衣卫的酷刑，真是太可怕了……”旁边的锦衣卫新兵心里想。
左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章等人也先后在狱中被害，都被酷刑折磨死。
据史料记载：左光斗的身体被狱卒用烧得通红的烙铁反复熨烙，他的脸部被烧得焦烂，面目全非，左膝盖以下的筋骨，被酷刑折磨的全都暴露出来，令人不忍直视。
有的大臣死前，还受到了抽肠的酷刑。
那一天，魏忠贤一脸狰狞，看着眼前被折磨得不成人形的袁化中，冷笑道：“袁化中，你还是不肯承认自己有罪吗？”
袁化中强忍着剧痛，怒视着魏忠贤，“我袁化中一生为官清廉，从未做过对不起朝廷和百姓的事情，何来有罪之说？”
魏忠贤不屑地笑了笑，“哼，你们东林党人都是一丘之貉，我看你就是敬酒不吃吃罚酒。”说着，他挥了挥手，示意手下继续用刑。
两个锦衣卫彪形大汉走了过来，将一条横木杆的中间绑一根绳子，高挂在木架上，木杆的一端有铁勾，另一端绑着石块，像是一个巨大的秤。他们将一端的铁勾放下来，塞入袁中化的肛门，把大肠头拉出来，挂在铁勾上。
袁化中发出了凄惨的叫声，身体不停地颤抖着。他的脸色变得苍白如纸，额头上冷汗淋漓。
魏忠贤却不为所动，冷冷地看着袁化中，“怎么样，袁化中，你还不承认吗？只要你承认自己有罪，揭穿东林党的所有罪行，我就可以饶你一命。”
袁化中咬着牙，艰难地说道：“魏忠贤，你这个奸臣，就算杀了我，我也不会承认自己有罪。”
魏忠贤的脸色变得更加阴沉，“好，既然你这么嘴硬，那就别怪我不客气了。”他再次挥了挥手，示意手下将石块向下拉。
随着石块的下降，铁钩的一端升起，袁化中的肠子被一点点地抽了出来，高高悬挂成一条直线。袁化中的惨叫声越来越虚弱，最终气绝身亡。
魏忠贤看着眼前的一幕，心中不禁涌起一丝快感。他转身离去，留下了一具冰冷的尸体和一片死寂的刑房。
“六君子之狱”震惊了天下。东林党其它的人不负杨涟所托，最终找到机会将杨涟的绝笔血书公诸于世。
（公元1625年）天启五年七月，在历经钢针作刷、铜锤击胸、土袋压身、弹琵琶、铁钉贯耳等惨无人道的酷刑之后，已经处于垂死挣扎边缘的杨涟，忍着剧痛，他用力咬破自己的手指，写下了一篇惊天地、泣鬼神的绝命血书！其文慷慨激昂，悲壮之情溢于言表！
杨涟的血书原文：“涟今死杖下矣！痴心报主，愚直仇人；久拼七尺，不复挂念。不为张俭逃亡，亦不为杨震仰药，欲以性命归之朝廷，不图妻子一环泣耳。
打问之时，枉处赃私，杀人献媚，五日一比，限限严旨。家倾路远，交绝途穷，身非铁石，有命而已。雷霆雨露，莫非天恩，仁义一生，死于诏狱，难言不得死所。何憾于天？何怨于人？
惟我身副宪臣，曾受顾命。孔子云：“托孤寄命，临大节而不可夺！”持此一念，终可以见先帝于在天，对二祖十宗与皇天后土、天下万世矣。大笑，大笑，还大笑！刀砍东风，于我何有哉？”
杨涟的绝命血书译成现代白话文是：
“我杨涟现在就要死在杖下了！我用一片忠心报答君主，却被仇人认为是愚蠢固执。我早已将自己的生死置之度外，不再挂念。我不会像张俭那样逃亡，也不会像杨震那样服毒自尽，我只是想把自己的生命献给朝廷，并不期望妻子儿女会为我哭泣。
遭受审问时，被诬陷贪赃，以杀人献媚，五天就被拷打一次，还有严厉的圣旨催逼。我家破人亡，走投无路，我并不是铁石心肠，只是还有一条命罢了。无论是雷霆还是雨露，都是上天的恩赐，我一生奉行仁义，死在诏狱之中，也没什么可说的。我有什么好遗憾的呢？又有什么好怨恨的呢？
我身为都御史，曾接受先帝的临终嘱托。孔子说：“接受遗命，在面临大节时不可动摇！”秉持着这样的信念，最终可以在天上见到先帝，面对二祖十宗以及皇天后土、天下万世了。大笑，大笑，还是大笑！刀砍东风，对我又有什么关系呢？”
东林党人躲藏起来，私下里窃窃私语：
一个东林党人王耀武道：“你听说了吗？杨涟的血书已经公之于众了。”
一个东林党人张杰道：“哦？真的吗？这可真是一件大快人心的事情啊！”
王耀武道：“是啊，杨涟可是一位令人敬仰不已的文人英雄，他那饱含血泪与悲愤的血书，让人看了无不为之动容。”
张杰道：“只可惜他已经不在了，否则一定能够看到这一天的到来。”
王耀武道：“但是我相信，他所受的冤屈一定会得到平反昭雪的！”
张杰道：“嗯，我也相信。正义可能会迟到，但永远不会缺席。”