随即，董继舒告辞朱纯臣，起身而去，但是，却没有带上还在给朱纯臣建造密室的兵卒。
回到校场，却见到杜逢春火急火燎地跑过来：“跟你说了，今日太孙要来，你怎么还敢不到！”
董继舒：“末将已经答应了成国公，帮他建造密室，工程尚未完工，岂能言而无信？”
杜逢春：“太孙脸色不善，像是要杀鸡儆猴，你可要小心些！”
董继舒哈哈大笑：“料也无妨！”
随即，董继舒走到朱由校面前，躬身行礼，说到：“末将来迟，请太孙治罪！”
这条线：“好说，好说，治罪是一定的。在砍了你之前，先说说兵员的问题，员额七千，为何只来了九百多？”
董继舒：“员额名册，都是给事中丘懋炜负责，末将只负责操练！”
朱由校冷笑道：“就是说，这少了的六千多人，你一无所知？”
朱由校：“很好，很好！丘懋炜，你来解释！”
丘懋炜大汗淋漓，说道：“兵员名册，确实在微臣手里。但是，本官只负责按名单向户部申请军饷，而名单则是董将军报上来的！”
朱由校：“不错，你俩先狗咬狗，到底是谁吃了空饷，喝了兵血！”
董继舒、丘懋炜两人怒目相向，却不说话！
朱由校等的不耐烦，对张维贤说道：“国公爷，你下令吧！”
张维贤对执事营参将王继说道：“王继，行刑！”
王继立刻带几名执纪兵过来，把丘懋炜和董继舒捆起来，按倒在地！
董继舒大喊：“本将不服！所缺六千员额，杜逢春是知道的，老子还要送给他两千的军饷，丘懋炜也吃了一千，薛三才吃了一千，朱纯臣也吃五百！”
张维贤喝令：“把杜逢春也绑了！”
朱由校默不作声，就看着执纪兵把丘懋炜、董继舒、杜逢春三人当众砍头！
随即，朱由校下令，把神枢二营的员额改为700人，未到的六千多全部革除，还要在到场的九百多人中，淘汰老弱，只剩下700人！
整整三天，朱由校就在军营，对神枢十个营展开清洗，当场砍杀佐击五人、游击七人、参将九人、副将两人！
神枢营的七万员额，也调整为7000，并重新开始招募士兵。
并且，革除朱纯臣五军营的统领职务。
朱由校早想对他下手，但朱纯臣在军队中耕耘多年，只好等到私通建奴的案子爆发，再彻底清算他。
这个消息传出，五军营和神机营也立刻动了起来，除了逃跑的将领，其余的都主动交代问题，获得宽大处理。
在这个过程中，也发现了很多优秀的将才，原为神枢十营佐击林兆鼎升为副将、原神机营副将杨肇基升为神机营总兵官、神机十营佐击麻时升为副将、五军二营参将毛有伦升为副将。
除此之外，朱由校还把五军营交由曹国公李邦镇掌管，神机营交由定国公徐希皋掌管。
一是因为他们的儿子都是朱由校现在皇庄护卫军的统领，值得信任；
二是因为，他们现在跟着朱由校挣了大钱，不至于再行贪污之事。
整顿好三大营，朱由校又把刘若愚派来，让他全面掌管募兵和发饷事宜，而具体的操练，则全由刚上任的国公们负责。
没过几天，传来消息，协理京营戎政兵部尚书薛三才，因为惧怕太孙问责，居然生生地被吓死了！
趁着这个机会，朱由校把协理京营戎政兵部尚书的职务，交给了张维贤，而神枢营，则交给了武定侯郭应麟。
如此，京城的防御就有了根基，朱由校可以放心了。
初冬，所有皇庄都发展起来，从江南送来的十万罪犯家属，都成为免费的劳工，不仅粮食和棉花获得大丰收，工坊的产出也是与日俱增。
三大营的战马，也进行了淘汰，从御马监那里换成正值壮年的战马。
皇庄护卫军也扩充至一万人，并且还吸引来了定远侯邓文明、怀远侯常延龄，他俩是邓愈和常遇春的后裔。
因为有张之极鼎力推荐，朱由校也同意他俩各带一支皇庄护卫军。
处理好三大营的事，宋应星也出来好消息，他研制的燧发枪成功了！
并且，因为工部尚书黄克瓒的鼎力相助，工部的火器局日夜不停地生产，目前的产量，可以满足皇庄护卫军了。
听到这个消息，朱由校又升起了搞事的念头，他要去坐镇南京，彻底清除大明的后患！
在此之前，朱由校还要整顿一下朝堂，免得自己去了以后，京城的酸儒门又要作妖。
先是然命了一批军官：升宁夏参将王继为五军三营参将、天津游击宋伟为葛峪堡五军营游击、升蒋克谟为神机二营参将、周文炳为神枢九营佐击、张体乾为真定标营游击、王豸为蓟镇大水峪游击等等。
顺便，朱由校再次启动矿税！
这个令东林党人无比痛恨的矿税，虽然被万历机器手下的太监玩坏了，以至于被东林党人抓住了把柄，但不得不说，矿产资源收税，收重税，是天经地义的。
那是全天下百姓的资产，怎么能够让少数人独吞？
正好，吏部候选儒士蒋定国，上书奏言：山西平阳府夏县等处银砂遍地，欲照万历二十四年故事，差内臣采取。
吏部尚书赵焕、户科给事中李奇珍、山东道御史刘惟忠等人上书反对。
朱由校觉得有必要见一见这个蒋定国，看看他是个什么样的人。
蒋定国说：“普天之下莫非王土，率土之滨莫非王臣，这矿山、森林、牧场、海洋、甚至天空，都是皇家的资产，自然不能让少数人拥有私利。
说道这些财产的管理，当然要通过某些人之手，但也不能是极个别人，而应该是全天下的百姓。
所以，应当有一个独立的部门管理这些资产！”
朱由校：卧槽！这不就是后来的国土资源局吗！
人才！绝对是人才！
这个人，要定了！
再次议政的时候，朱由校下令，蒋定国为工部员外郎，全权负责山西夏县银砂司的筹建和运营，并由工部监管。
听到这个命令，礼部尚书赵焕当即下跪，说道：“太孙殿下，前事不忘后事师！已经证明过了，矿税一事，害国害民，断不可行！”