乌江惨败传到贵阳城，贵阳一带百姓纷纷逃进城中，贵阳府附近各府县卫所震动。张位用尚方剑斩杀谢崇爵，逮捕童元镇，派人传檄镇雄土官安尧臣撤退。安尧臣没有与童元镇合兵一处，得以全身而退，引起怀疑其私通杨应龙。
杨应龙大破乌江路童元镇三万余明军土司兵还没高兴太久，播州北面的战事急剧变化，明军接连击败播州军，尤其是綦江路的刘綎非但没有念及双方的结义之情，反而率兵攻打播州军最猛。
刘綎也有难处，刚听到川贵总督邢玠派人命其带兵回四川征伐播州，便停留在湖广不肯回四川领兵攻打拜把兄弟杨应龙，刘綎找了很多借口要挟朝廷。随即遭到言官群起弹劾，锦衣卫也盯上了刘綎，刘綎不想被缇骑拿回北京，只好赶回四川。
川贵总督邢玠将刘綎革职充为事官，命其将功折罪，如若不然，锦衣卫便会将其逮捕下狱问罪，罪名不用想都知道与杨应龙有关，刘綎连忙表态愿领兵进攻播州杨应龙。
刘綎率三万余明军及土司兵从綦江发起进攻，接连攻克丁山、铜鼓、严村，直捣楠木、山羊、简台三个播州军重兵驻守的险要山洞。穆照率两万余播州军连营扎寨，明军将领都很害怕。
刘綎调遣兵力从三面攻打穆照，在李汉坝与播州军大战一场，活捉播州军将领，播州军残兵逃入山洞。刘綎乘胜连克三关，直捣洞前，放火烧洞，播州军伤亡惨重。
身形高大一身山纹甲三十来岁的刘綎亲自在阵前督战，左手拿赏钱，右手握大环刀，大声喊道：“卖命的有赏，不卖命的斩首！”
明军将士奋勇进攻，战死四十人，大获全胜，攻下三个山洞，播州军将领吴尚华被活捉。
杨应龙为了挽回播州北面的不利局势，将精兵三万交给长子杨朝栋说：“你领兵攻破綦江，奔驰南川，将明军粮草全部焚毁，明军没有粮草就无法再继续进攻。”
杨朝栋与其弟杨惟栋、杨珠统领三万精兵出娄山关直奔綦江杀来，由松坎、鱼渡、罗古池分三路进攻。刘綎在罗古埋伏一万人，迎击从松坎杀来的杨朝栋，在军营外埋伏一万人，迎击从鱼渡杀来的杨惟栋，另外准备一路军作为策应。
杨朝栋、杨惟栋果然率兵突袭明军，接连遭到明军伏兵四下围攻。杨朝栋、杨惟栋慌忙率播州军突围逃走，刘綎率部转战接连出击，斩首数百人，追击播州逃兵五十里。
杨朝栋、杨惟栋突袭反遭围攻，突围逃到石虎关聚集加强防守，刘綎率大军翻过夜郎旧城，攻克播州军把守的滴泪、三坡、瓦窑坪，猛攻石虎关，杨朝栋、杨惟栋两兄弟不敌，被迫退到娄山关，随即赶往播州城禀报，刘綎率明军直抵娄山关。
崇山峻岭中的娄山关地势险要，到处都是莽莽林草，只有一条宽仅数尺的道路可通行。播州军在沿途设置木栅栏十四座，栅栏两旁都挖有深沟，异常险要。
刘綎分左右两路奇兵，从小路直插娄山关背后，自己统领大军从关前仰攻，出其不意一举夺取娄山关，追杀穆照至永安庄，左右两路明军也赶来会合。
刘綎担心穆照冲击突围，将各军营连在一起，一部据守娄山关作为大本营，一部据守白石口作为中间营，一部据守永安庄为前锋营。有勇无谋的都指挥王芬独自在松门垭要冲之地扎营，距离大军营防有几里路远。
杨应龙得到穆照派人禀报娄山关丢了，忙调集三万大军携带火炮准备夺回娄山关。杨应龙率播州军突袭进攻杀死王芬、守备陈大刚、天全招讨杨愈，明军死伤惨重溃逃。
刘綎得报亲自率领步骑兵前去营救，参将杨文、吴敦吉分兵两路夹攻，播州军有西班牙兵火炮助战，明军遭到播州军火炮轰炸损失惨重，刘綎被迫撤退回娄山关，在关前设置栅栏阻击，忙派人向川贵总督邢玠请求增派援军。
乌江兵败，各路明军将领心生恐惧，纷纷请求撤退，遭到张位严厉责备。监军李化龙接到举报水西帮助杨应龙，张位派李化龙责问安疆臣，斩杀杨应龙的使者，水西安氏与播州杨氏断绝往来。
童元镇被逮捕后各路明军将领更加奋勇作战，刘綎率先攻取娄山关，李如松、李应祥也迅速攻取乌江以南播州下辖各司，开始准备渡过乌江，川贵总督邢玠接到刘綎攻取娄山遭到杨应龙大军反攻求援，忙抽调副总兵吴广、参将达云率两万大军火速增援娄山关，邢玠打算以娄山关为突破口攻入播州腹地。
杨应龙依靠西班牙兵及火炮击退刘綎后，又增调两万大军以火炮猛攻娄山关，刘綎率明军将士拼死坚守娄山关，等待援军赶来增援，娄山关成为双方大军激烈争夺的致胜目标。
播州军接连战败，贵州境内发起进攻的明军接连开始在乌江发起强攻，播州军依托乌江天险抵抗，明军渡江接连失败，播州军面临明军重兵围攻，兵力捉襟见肘，西面南面尚有险要山川关隘抵御，东北一带的石阡府、思南府成为明军突破口。
江南总兵朱文达由彭水出兵，携石柱土司马千乘、酉阳土司冉御龙率领三万余大军及土司兵经沿河攻入务川，协同参将万邦孚渡江攻取思南府，随即出兵攻下龙泉（凤岗），对播州东部形成严重威胁。
总兵官董一奎趁机在石阡府渡江进攻播州乌江北岸余庆司，杨朝栋率三万余播州军迎战董一奎大军，董一奎得知播州军在山上埋伏，命参将吴惟忠用火炮攻打，播州军居高临下进攻，董一奎率兵攻杀上山，斩杀后退将士示众，明军将士奋勇作战，播州军大败而逃。数千明军趁胜追杀，遭到播州军埋伏战死。
贵州总兵李应祥也趁机率兵渡过乌江，同董一奎率五六万明军围攻败逃到余庆司城的杨朝栋，杨朝栋率两万余播州军突围不成拼死抵抗，遭到明军火炮猛轰，明军攻入余庆司城，播州将士纷纷跪地投降，杨朝栋在土司城堡中拼死抵抗战死。
总兵李应祥、董一奎、朱文达率兵接连击败播州军，深入播州境内，播州军节节败退，总兵李如松率三万余明军也从翁水安抚司渡江攻入播州腹地。
杨应龙率大军攻打娄山关不利，损失惨重，又接连接到乌江失守，长子杨朝栋战死，其余各路兵马也接连战败覆没，形势急剧恶化，危机重重。
杨应龙下令将播州城内钱粮尽数搬上龙岩囤（海龙囤），播州军将士家眷及城中百姓也带着上屯，打算依托龙岩囤与明军长期对峙作战，等待汉军北伐扭转时局，田一鹏已经带着出嫁联姻的杨贞瑞及杨应龙两个儿子趁着童元镇乌江兵败潜入贵州前往广东。
十余万播州军民撤退上龙岩囤死守，撒施洛、西加斯的加也率两千余西班牙残兵败将同播州军退守龙岩囤上，同时还将所有火炮也搬运上龙岩囤据守山城。
九路明军接连不断杀到播州城，开始修筑长围围困海龙囤上的十余万播州军民，明军随后开始对龙岩囤展开轮番火炮进攻，播州军也在龙岩屯上发炮反击，仰攻的明军死伤更多。