西班牙远征军总指挥官达斯麻雷那斯留下胡安·德萨尔塞多统率两千西班牙大军及不断招募的一万余以汉奸为主的仆从军镇守福建沿海。
胡安·德萨尔塞多以福建省城福州为指挥部，加强对福建沿海府州县控制。西班牙远征军主力北上进攻浙东沿海后，胡安·德萨尔塞多也开始调集五千大军，征集五十余艘平底战船亲自领兵沿闽江逆流北上进攻福建巡抚许孚远等福建文武驻守的延平府。
福建巡抚许孚远也正在积极筹备收复省城福州计划，福建总兵王尚文迟迟还未赶来上任，原因是总兵王尚文得知老家宁波府被西班牙大军攻占，朝廷正调集各省大军与西班牙大军在浙江作战，王尚文刚到金华府就掉头了。
福建巡抚许孚远下令紧急抽调建宁、邵武两府三千官兵乡勇赶来延平府城南平，在新年过后总算是集结了五千余福建军民，许孚远接到刚从福州府逃来的文武百姓汇报西班牙大军主力北上进攻浙东，许孚远决定率五千余福建军民顺江而下收复福州城，尽量弥补丧师失地大罪，同时派人进京请求一众浙江老乡朝中重臣帮着转圜求情。
正月初二，胡安·德萨尔塞多也统率五千西班牙军及仆从军沿闽江逆流北上，正好与顺江而下的福建巡抚许孚远统率的五千余福建军民先锋船只在大溪汇入闽江河口水口镇相遇，五十余艘西班牙大军战船纷纷停止继续前进，在水口摆开阵势迎战。
水口上游九龙山下的谷口镇（今黄田镇）江面上，不下六十艘福建明军大小战船正在谷口镇码头稍作停泊补给休整，接到先锋船队派人来报西班牙大军不下五十艘战船正逆流而上杀来，许孚远忙下令迎战。
福建明军战船都是些较小的渔船商船为主，舰炮以大将军炮为主，还有不少佛朗机炮为辅。明军顺流作战比逆流作战的西班牙大军有利，但舰炮射程不及西班牙大军装备较少的舰炮。
一艘高大的平底沙船上，一身山纹甲身形高瘦年过半百的福建巡抚许孚远身披大红披风，一张长满皱纹的国字老脸，几缕花白胡须在呼呼作响的江风吹拂下轻飘，颇有几分仙风道骨。
许孚远本是书生，虽在广东任上带兵擒获过七十名倭寇，但面对来势汹汹的西班牙大军入侵根本来不及反应就被兵临福州城下，福州城破只能带着福州文武残兵败将逃往延平府，福建水师提督施德政、都司刘彦等相继战死殉国，许孚远只能亲自带兵上阵督战。
许孚远指挥着官兵乡勇驾船顺流而下杀来，见在水口摆开阵势的西班牙大军战船高大，前方的十几艘大船上都配置有令福建文武胆颤心惊的舰载加农炮，许孚远与福建文武认真总结福建水陆大军与西班牙远征军作战失败原因，深知对方舰载加农炮射程比己方大将军炮更远。
“传令下去，马上准备十几艘火船。”许孚远决定舰炮射程不足用计谋破敌。
“是”旗牌官领命忙赶去传令，明军将士忙准备火船作战。
一艘高大平底沙船上，胡安·德萨尔塞多看着顺流冲杀来的福建明军大小战船众多，不敢掉以轻心，高呼下令道：“炮兵准备”
西班牙炮兵忙操炮对准正顺流杀来的福建明军战船，却见福建明军战船后阵突然冲杀出十几艘小船，小船正飞快顺流冲杀而来，十几艘小船突然起火，冒着浓烟直奔西班牙战船袭来。
“火船”胡安·德萨尔塞多一脸震惊不已，手中十字剑剑指火船狂呼下令道：“快开炮干掉火船，别让火船靠近，快开炮。”
‘轰轰……’西班牙炮兵纷纷发炮炮击江面上的十几艘火船，不少火船被击沉。
许孚远正指挥着福建官兵乡勇趁着西班牙炮兵开炮对付火船来不及再次发炮顺流快速冲杀下来，许孚远拔出腰间佩剑高呼下令道：“发炮进攻”
明军将领纷纷高呼下令道：“放……”
‘轰轰……’顺流冲锋的福建明军战船纷纷发炮炮击西班牙战船，顿时打得西班牙阵前战船损失惨重，战船上的舰载加农炮被炸得横七竖八滚落坠江，砸死砸伤西班牙将士不少，惨呼声不绝于耳：“啊啊……”
西班牙船队顿时混乱不堪，汉奸仆从军见势不妙纷纷掉头就跑，胡安·德萨尔塞多看着上游疯狂冲杀下来的福建明军已经冲近前方战船，前后阵汉人仆从军战船竟然纷纷开溜了，气得直跳脚怒骂道：“该死的汉人仆从军”
胡安·德萨尔塞多没心思去管开溜的汉奸仆从军，正全力迎战福建明军驾船进攻，狂呼下令道：“开炮，快开炮干掉明军战船。”
福建明军乡勇都是邵武建宁两府战斗力较强的山民组成，平时就没少为了各自村寨家族利益争斗干架，战斗力很生猛，再加上水战是福建人特长，更是对闽江航道上的浅滩漩涡激流暗礁了如指掌，在双方兵力装备相差无几下不惧西班牙军及其仆从军。
福建明军将士中有不少是海坛海战逃回来的福建水师将士，福建明军武将大多战死殉国，文官们也都硬着头皮上阵，四十来岁一身戎装的福州知府王士琦在阵前统领福建明军冲锋作战，王士琦挥剑高呼道：“冲上去，准备接舷战。”
许孚远在后阵坐船大沙船上看着奋勇冲杀上去的大军战船已经开始接舷战，官兵乡勇纷纷跳上西班牙战船与一千余西班牙兵拼杀起来，西班牙大军战船编队中不下三十艘战船纷纷掉头逃奏，原本信心不足的许孚远顿时犹如打鸡血般高呼下令道：“都给本官冲上去，杀光大弗朗机夷寇，冲啊。”
“冲啊”后阵只剩下两艘战船护卫军门许孚远坐船左右，忙跟着许孚远驾船冲杀下去。
胡安·德萨尔塞多亲自率一千余西班牙兵及数百吕宋仆从军二十几艘战船迎战冲杀下来的福建明军战船，福建明军将士趁着接舷战纷纷扔出飞爪抓住西班牙战船船舷，一跃而起上到西班牙战船同西班牙兵攻杀起来。
许孚远亲自指挥坐船冲锋作战，福建明军将士倍受鼓舞，顿时士气高涨，越战越勇，杀得西班牙兵死伤惨重，同时自身也损失惨重，西班牙兵被兵力雄厚的福建明军杀得难以招架。
亲自挥着十字剑作战受伤不轻的胡安·德萨尔塞多见势不妙，慌忙下令道：“撤退，快撤退。”
“撤退，快撤退”西班牙将士纷纷跟着狂呼鸟吼撤退。
胡安·德萨尔塞多带着不到五百西班牙残兵败将驾着三艘战船落荒而逃回福州城。
水口一战，许孚远率福建军民大获全胜，更是趁胜追杀下来，一举收复汉奸驻守的闽清县，许孚远率福建军民在闽清县休整一夜，准备次日一早出兵顺江而下收复福州城。
许孚远忙派人星夜兼程顶着寒风雨雪宋捷报前往北京向朝廷报大捷，水口之战被福建文武夸大成大捷，意图将功补过。许孚远对收复福州城信心倍增。