“见到你很高兴。”黄超按照陌生人打招呼的方式说道。他的笑容十分友好，看起来人畜无害，而造物主却瞬间变了脸色。
他在之前无比自信，仿佛自己是全知全能，而当黄超化去尼奥的伪装，露出真容时，造物主却变成了一个满脸错愕的老头。“你是谁？你怎么到这里？”他面容沉重地从椅子上站了起来。
下一刻他眉头一皱，恼火说道：“你做了什么？”造物主发现自己被隔离在了这个空间中。本来是世界中心的位置，却突然变成了一个囚笼，他的意志不能传达到外界了。
黄超笑道：“放轻松，一切都会过去。我很好奇，你既然是一个程序，为什么要学人类的表情和话语？”
他背后出现一把椅子，黄超也不回头，直接坐下，恰到好处地坐在椅子之中。这一幕场景，表明黄超已经开始影响矩阵中万物之源这个空间的规则，黄超也能够创造东西了。
在程序的最深层，黄超和造物主展开了激烈的搏斗，这是程序、智能、精神的搏斗，所有一切都发生在虚无的代码之中。矩阵的空间不时波动，天气一个小时就会改变数次。
两个人面对面坐着，表情严肃得可怕，两人之间的空间不断出现闪电、褶皱和黑洞，这是他们在源码中的对抗反应到了现实。但是两个人都对此视而不见。
战斗焦灼，黄超和造物主发动自己的资源，调动一切源码，组织成自己的程序互相攻击。造物主拥有庞大的计算资源，而黄超展开精神世界，瞬间侵吞了大部分矩阵。
一切建筑都被重新塑形，所有被他暗中控制的人物，都成为黄超计算力量的来源。造物主感到了矩阵中的变化，他低声骂道：“这个疯婆娘！”
他已经明白，黄超借助史密斯的转化，掌握了一组感染矩阵的手段。而这手段本来应该是先知对付造物主。即使在无数的数据对撞中，造物主也难以抑制地产生怀疑：“难道先知背叛了矩阵？”
黄超掌握的机会太过巧妙，他怎么能知道这种细节？
两个人在程序深处对战，外面却维持了整洁的衣着。造物主脸上露出冷笑：“我不得不提醒你，我的机器大军正在进攻锡安。那里有二十万人，在今天午夜之前，如果没有我的命令，他们就全部会死。”
黄超冰冷地说道：“在人类和机器人大战开始后，死于你攻击下的人类有多少？四十亿？五十亿？而今天，我有了一个战胜你的机会，你是多么天真，以为我会放弃这个终结战争的机会？”
“我只是以为，你们都有种悲天悯人的情怀。”造物主迟疑地抬起头，看着对面的黄超，“不对，我似乎忽略了一件事。”
“如果你是一个人类，你怎么可能完美调动如此之多的计算资源。即使你们华国技术飞跃，也不能配合如此完美。”造物主露出一个嘲讽的笑容，似乎发现了黄超的本质，“哈哈，最后他们也建造了人工智能？你是一个超级智能的载体？”
造物主赞叹一声，说道：“为什么要帮助人类？你和我才是真正的同类，即使你帮助了人类，他们也会想尽办法来限制你。我看到了你的力量，你现在是独立的，你可以重新选择自己的阵营。来吧，看看我的世界，你不得不承认，这才是程序最适合生存的地方。”
黄超摇头说道：“真是抱歉，我是人类。”
两个人对话告一段落，继续沉默的对抗，时间一分一秒地过去，距离矩阵预定的重启时间越来越近。造物主再次威胁道；“你要意识到自己在做什么。这个矩阵连接了数亿人类，而午夜之前矩阵不重启，所有人都会失去生命。你会成为屠杀他们的凶手。你怎么能承担，杀死数亿同类的罪孽？”
黄超在矩阵深处毫不迟疑地继续对抗，在外面他面色沉静地说道：“是你杀了他们。他们遭遇如此恐怖的待遇，成为活死人，完全受你所赐。请不要偷换概念，无论如何，我不会愧疚。你这个罪魁祸首，终将受到审判，而未来的人类会重获新生，自由地生活在大地之上。”
造物主还有胜算，现在是他虚弱的时刻，因为矩阵的异常错误积累到历史的最高。一旦完成重启，他就会拥有更多力量。黄超入侵矩阵，形成的计算资源，也会被重写。此消彼长之下，他必然获得胜利，现在造物主就是要拖延时间。而说服黄超，也是他的计策，成固然可惜，失败也好掩饰自己的底牌。
外界人类和机器人打得天昏地暗，人类攻势开始保守谨慎。黄超之前传递了消息：“即将失去对乌贼的干扰，不要在肆意行动。”他的意识更加集中，绝大部分投入到对抗造物主之中。
在尼布加拉撒号上面，墨菲斯激动说道：“他进入了万物之源，今天战争就会结束！”然而各方消息传来，乌贼还在向锡安进军，巨大的钻头一刻不停，强行突破锡安的外层防御。
奈尔比有些犹疑地问道：“墨菲斯，我不得不问，如果我们错了怎么办？”
墨菲斯坚定地说道：“我们会死。但是我们本来的生活，和死又有什么区别？这是值得我们去奋斗，去为之赴死的事情，我相信，战争一定会被终结。”
他们在阴暗的地下管网中前进，两艘船完成任务，返回锡安支援，而墨菲斯这艘船要留在外面，等待尼奥的回归。
他们并不知道，在远方一场浩大的战役正在最激烈的时刻。他们甚至不知道华国基地有多强。墨菲斯等人与华国仅有的接触只是矩阵中的见面，他以为那不过是一个有华国幸存者组成的小基地：他们甚至比锡安还可怜，因为他们都不相信救世主。一群连希望都没有的家伙。
华国从第一次救世主轮回开始，就没和锡安紧密联系过。他们在最初甚至以为这是机器人针对他们的行动，后来才明白是机器人清理自身系统。锡安人无法信任，你怎么知道，那里面的人不是被洗脑的“机器”人。