宴会结束后，李斯回到家中，想到秦国实行郡县制已经八、九年了，国家稳序发展，各行各业百废待兴。可万万没有想到还有人反对郡县制，这真是太不合时宜了。忽然有人报告：“补射周青臣来见。”李斯就让周青臣进见。周青臣进来后，行礼道：“丞相啊，今天淳于越也太狂妄了，他竟敢还提分封制，这不是和丞相做对吗假如陛下真的听取他的建议实行分封制，那么丞相多年来主持的郡县新局不就毁于一旦了”李斯拍案怒道：“周大人请放心吧，本相绝不会让淳于越的阴谋得逞！”说罢就让周青臣磨墨，自己挥笔疾书，一气呵成，写成了一道奏折。李斯写完，让周青臣阅读了一遍。周青臣看完，满脸堆笑，不停地说好。
次日早朝，大臣都把写好的奏折一一呈了上去。秦始皇开始览阅，有称赞郡县制好的，也有称赞分封制好的，真是各抒己见，莫衷一是。秦始皇最后看李斯的奏折，上面写道：
臣李斯冒死向皇帝陛下进言：周朝之时，天下诸侯，混战不休，这正是因为侯王太多的缘故。诸侯国多了，他们的言论和学说就会杂乱无章，诸子门派众多，他们用虚假的言词来掩饰战乱的过失，造成了言论的高度自由，以至于出现了随意批评各国时政的不良习惯，这些学者们还经常妄加评论周天子和诸侯王，常常使国君们陷入窘迫的境界。现在天下统一了，国家之事就应该由皇帝一人决定，人们再如果按照诸子的学说来任意地针砭时政，就是非常错误的，一定要坚决制止。
现在民间的私人学馆，都有各自的学习内容。这些内容与秦国的法令、条文、制度也不相吻合，所以人们看到朝廷的法令就喜欢用自己学到的百家观点妄加评论，总认为秦国的法律条文漏洞百出，不值得推敲。百姓在家大发议论，走出家门还要信口雌黄。这些人从表面上看是夸赞陛下，而实际上确实同陛下唱反调，他们在亵渎美政。长此下去，百姓们的思想就会混乱，陛下的威信也会下降，而民间的反对派和六国的旧势力也会趁势抬头。因此陛下应先发制人，提前制止言论的自由，先把那些异端分子坚决压制住，这样人们的思想就不会混乱了。
那么怎样才能统一思想呢臣冒死献上一策：书是一切思想的来源，只有断绝了来源，人们的思想就会枯竭，因此臣请求把秦国以外的所有图书典籍全部焚毁，这主要是六国诸子的全部着作，尤其是孔、孟的书。具体的措施是除了朝廷的博士官可以保留之外，其余的人都不能再保留，尤其是民间的私人藏书，应该由地方官员挨家挨户地清查，清查出后全部送到府衙当众销毁。朝廷的命令下达后，还如果有人敢聚在一起谈论《诗经》、《书经》和百家语的，不论是谁一律抓起来定罪。把那些推崇古代、诽谤当代的人，一经查出就满门抄斩。即使秦国的官员也不例外，他们如果明明知道有人在诽谤朝廷却不检举，就以同罪论处。诏令下达后在一个月内仍然不烧书的，就定为黥刑发配到边疆服四年徭役。当然那些医学、卜筮、种植方面的书就不必焚毁了，因为这些书对人没什么伤害。百姓如果想学文字和法令的就到官府去学，必须以吏为师，同时立即取缔私人学馆，禁止家学。
通过上述办法：人们的思想就一定能统一起来。只有人人都以法来权衡事务，秦国就必然大治了，这样讽谤之风也会停止。秦国若是用这个办法，必定会长治久安，陛下的千秋伟业也必将世代相传。请陛下纳臣之谏，雷厉风行，诏令全国。
始皇帝一口气读完了李斯的奏章，心中震撼不已。散朝后他就留下李斯，问：“丞相此计是否会把古代的文化典籍摧毁殆尽朕是否会落个千古的骂名”李斯诚惶诚恐地回答：“毁了民间的书籍，对秦国没有任何损害。秦国从来都是以严法治国，才从蕞而小国发展为西方强国，最终一统天下。现在六国的臣民还非常怀念他们的故国和过去的主人，假如不用法令使他们忘记过去，就很难驾御天下！因此请陛下当机立断，早作决定。自古伟人造伟业，伟业须由伟人造，您还忧豫什么呢请陛下顺应时代的潮流，发起焚书运动吧”始皇帝听了这番言词，龙颜大悦，当机立断道：“卿之言正附合水德之说，准奏！”于是立即诏令全国，开始全国焚书。
始皇帝的长公子扶苏，时年二十七岁，长得面容俊朗，英姿勃勃，听说父皇要在全国焚书，急忙进宫来劝谏，他说：“陛下，书是圣贤之语，明理之本。如今度烧毁了，国家拿什么来教化百姓况且人不教化就不会明白事理，不明白事理就与禽兽一样啦”始皇帝大笑道：“禽兽之所以能被驱遣，就是因为它们没有思想啊，黔首们如果不明事理，驱遣起来不就与禽兽一样简单容易了吗老百姓可以驱遣，但不能让他们明白为什么要被驱遣，这里头奥妙深着呢，你小子回去慢慢琢磨一下《商君》之书吧！”扶苏就不敢再说什么了，只好退了出来。
随后朝廷就颁布了焚书令。时间不长，在咸阳宫前的大广场上，上缴的图书就已经堆成了山。官员们就把这些成困的书册点着了焚烧，熊熊大火烧了十几天，浓烟把人们呛得擤鼻涕抹眼泪。这把大火就从咸阳烧起，然后向全国各地蔓延。官吏们谁不害怕皇帝老百姓谁不害怕官吏谁敢因为私藏几卷书籍而招来灾祸呢于是人们就把家里所有的藏书都拿出来在门前焚烧，民间的书册与典籍就这样全都付之一炬了。当时只有曲阜孔子的家庙内，孔鲋偷偷的把数十部经典书籍藏在一面墙壁的夹层中，才得以保存了下来，他本人也逃往嵩山隐居起来。直到汉景帝时这些藏书才得以重现人间，这是后话。除此之外，在一些穷乡僻壤也保存了几册《诗经》和《书经》，其余地方就全部被烧毁。这是人类文化史上的一场空前浩劫，它把中国古代的文献和远古的文明，就这样一时间摧毁殆尽了。