高迎祥落网后被立即押送进京，紫禁城内的崇祯皇帝听闻闯王高迎祥落网，顿时龙颜大悦，为了一吐胸中的恶气，更为了告慰老朱家的列祖列宗，崇祯皇帝拍板将高迎祥在太庙前千刀万剐，在京五品以上官员都必须去观刑。
颍州官员因擒获高迎祥有功，皆官升一级，而颍州知州吴世济升任江北巡抚，李焕则升任游击将军，统领江北四镇官兵。
随着高迎祥的落网，整个闯军形势急转直下，特别是滁州一战，闯军折损严重，又没有了高迎祥这个带头大哥镇场子，各个头目谁都觉得自己有资格去争一争闯军大头领这个位置。
外有卢象升这个强敌，再加上内耗严重，闯军被卢象升开始一一剪除，十三家闯军头领也就只剩下张献忠，罗汝才等寥寥数人而已，当然还有一人异军突起，那就是闯王高迎祥的外甥李自成，此人接过高迎祥的闯王名号，继续与卢象升周旋。
随着卢象升的步步紧逼，再加上西北的洪承畴出关配合，仅剩的几路贼军被逼入绝境，眼看就要斩草除根之时，京城出事了。
崇祯九年九月，东北的建奴绕过山海关，借道蒙古从娘子关攻入北京城，北京城再一次陷入建奴的包围之中。
建奴已经不是第一次攻入北京城，崇祯皇帝也不是第一次当瓮中之鳖，所以还是老规矩，召集天下兵马进京勤王，此时手握重兵的卢象升自然就在被召集的名单之中。
此时此刻，闯贼已然陷入绝境，再加把劲就可彻底肃清闯贼之祸，可天命难违，无奈之下，卢象升只能放弃继续追剿闯贼转而带兵进京勤王。
作为刚刚升任江北总兵的李焕自然不能在这个时候拖后腿，立即调兵与卢象升一同北上，李焕和卢象升一起配合在宣府大破建奴，为了自己能睡个安稳觉，也为了稳住北方边关的形势，崇祯皇帝不愿意再让卢象升返回南方，而是命卢象升担任宣大总督，负责整顿宣大防线。
卢象升和李焕一同进京，可没想到最后只有李焕一人返回南方，二人分别时，卢象升向崇祯皇帝推荐李焕，由李焕返回南方后继续负责清剿闯贼。
面对卢象升的请求，崇祯皇帝立即提拔李焕为正一品的平贼将军，但对于江南剿匪事宜，崇祯皇帝则委派了熊文灿接替卢象升的六省总理，返回南方后的李焕只能在熊文灿麾下效力。
靠着吹牛逼上位的熊文灿一到任彻底推翻了卢象升的剿匪战略路线，由以前的斩尽杀绝改为剿抚并用，如果是真的剿抚并用倒也无话可说，可熊文灿是借着剿抚并用的由头捞银子。
银子给到位的闯军头目就是抚，银子没给到位的闯军头目自然就是剿，各路被逼到绝路上的闯军听到天底下竟然还有这种好事，自然喜不自胜，纷纷给熊文灿送上白花花的银子，而熊文灿也是大笔一挥，给张献忠等闯军头领办理了招抚手续。
看着昔日的闯贼摇身一变成为了和自己一模一样官兵，江淮地区的剿匪大业功亏一篑，李焕不禁气的冲到总理府，抽出鞭子想给熊文灿一个教训，最后因为冒犯上官，李焕差点被罢官，最后是江北巡抚求请方才免遭此劫。
经此一事，李焕彻底在江南官场边缘化，成了人人避之不及的官场瘟神。
不过是狼终究要吃肉，崇祯十一年，过了几天安稳日子恢复了些许实力的张献忠等人脱去官服，重新扯旗造反，当然造反之前还不忘将他给熊文灿送礼的细节公之于众。
如此一来，熊文灿成了最大的悲剧，不仅丢官罢职，还被锦衣卫锁拿进京，最后落得个身首异处的下场。
最后江淮局势眼看无法收拾，崇祯皇帝只能让李焕挂帅收拾残局，李焕和洪承畴一起配合，在函谷关大破闯军，李自成被杀的只剩下十几人，最后逃入商洛山中。
早已见惯了官场黑暗的李焕此时也明白过来，如果没有了闯贼，那他这个平贼将军自然也毫无用处，所以养寇为重才是正道，对于商洛山中的李自成，李焕自然也没有赶尽杀绝。
崇祯十三年，东北的满清再一次杀入北京城，听到京师报警，卢象升立即带兵驰援，可没想到的是，紫禁城内的崇祯皇帝和首辅杨嗣昌却想着议和，因为受到杨嗣昌和高起潜的排挤，卢象升仅仅带着五千人迎敌，最后寡不敌战死沙场。
此时，进京勤王的李焕听到卢象升被杀的消息后，不顾兵部命令，直接带兵在长城脚下截住满清大军，最后将杀害卢象升的满清大将生擒，直接在卢象升坟前斩首以祭奠老帅。
虽然李焕打赢了，而且还赢得漂亮，可因为违抗了兵部命令，最后非但无功反而有罪，幸得洪承畴帮忙求情，最后才免于罪责。
因为一时冲动，李焕再一次在官场当了闲人，被剥夺了兵权后授予一个闲职，整日在京城厮混。
崇祯十三年冬，皇太极率领满清八旗围攻锦州，誓要打通关宁锦防线，锦州被困之后，朝廷派洪承畴挂帅，统兵二十万前去救援，洪承畴出发前特意请崇祯皇帝下旨，要求李焕随他一同出征，担任粮草转运使。
到达前线的洪承畴发现想要短时间内击败皇太极根本不可能，只能慢慢消耗，等到对手粮草耗尽自然会退兵，可殊不知，这一招不仅伤人还伤己。
此时大明朝的财政已经到了岌岌可危的关键时刻，洪承畴没等到对手皇太极粮草耗尽，反而是他自己的补给先崩了。
二十万大军已经快把紫禁城内的崇祯皇帝给逼疯了，只能一遍遍的催洪承畴赶紧决战，最后在圣旨和粮草的逼迫下，洪承畴于崇祯十五年冒险与皇太极在松山决战，很可惜这次洪承畴赌输了，洪承畴本人被生擒，尔后叛国投敌。
至于洪承畴带的二十万大军，被满清逼到葫芦岛，就在这二十万人要被赶下海喂鱼的时候，李焕带着一干运粮的船队赶到了葫芦岛，在李焕的接应下，二十万大军终于安全撤退，虽然丢失了不少装备，可这二十万老兵算是救了下来。
领着二十万大军返回京城的李焕被崇祯皇帝重赏，崇祯皇帝本想继续将李焕留在北京城内，可在李焕的授意下，李自成和张献忠又开始在江南坐大，无奈之下的崇祯皇帝只能派李焕南下镇压闯军。
南下后的李焕重新获得了统兵大权，尔后剿匪是假扩充实力是真，对于李焕的阳奉阴违，崇祯皇帝已经无能为力，反而只能不断的给李焕加官进爵，以求李焕不扯旗造反。
崇祯十七年，李自成先破西安然后包围北京城，再一次成为瓮中之鳖的崇祯皇帝只能给李焕下令，让李焕速速带兵进京勤王，接到命令的李焕确实带兵北上，可是借口军费不足一直不曾进京。
迟迟等不到援军的崇祯皇帝在绝望中上吊自杀，等到崇祯皇帝一死，李焕反而领兵北上，并让自己的秘密部队将崇祯皇帝的二儿子带出了北京城。
多尔衮占领北京正式立福临为顺治帝，李自成从北京退回陕西西安，张献忠攻占四川称帝，李焕则在南京建立南明。并立崇祯皇帝第二子为帝，天下陷入四分五裂的境地。
占领北京城后，满清自认为天下正统，首先要清除的就是南明，为了一统天下，多尔衮派多铎统兵三十万南征，李焕亲自带兵在徐州迎敌，最后阵斩了对方大将多铎。
随着多铎阵亡，满清无力南征，李焕因为南明内部东林党人的牵制也无力北伐，至于西北的李自成和四川的张献忠，二人更是只想在自己的老巢内当个安乐王爷，天下也进入到一种微妙的平衡当中。
李焕在江南开始主导朝政，推行改革，实行官绅一体纳粮和火耗归公的各项事宜，并通过与郑成功的联合主导海上贸易，自此南明的势力大涨，逐渐吞并张献忠余部与李自成余部，形成了南北对立的局面。
十年生聚，南明的改革成功之后，军事、经济和政治的势力都已经超过北方的清朝，李焕开始谋划北伐，大军分三路，一路出汉中由李定国带领包围陕西山西等地，一路出徐州由主人公统领直捣北京，另一路由海路出发，由郑成功带领切断清朝退往关外的道路，要将清朝势力围歼在山海关之内。