山本正夫提出的设想和建议，对当时已被极右军国主义野心家控制的日本军部来说，有着无法拒绝的诱惑力。
但是，他们也有一条规定，所有离开那个基地和项目的人，只能是死人。
最终，他们对山本正夫进行了极其严苛的政审，他通过了。
这一点，除了感谢他孤僻、沉闷的性格，以及对学术的狂热外，他的红月之刃也帮了他的大忙。
自废刀令以来，在一次次针对武士暴乱的镇压中，武士阶层已经消亡，然而武士道精神却转化成了对天皇的绝对忠诚和狂热的军国主义热情。
在他的政审报告中特别备注：山本正夫时常沉浸在对先祖遗物（红月之刃）的观想之中，并流露出武士一般冷酷的神色，他是一位难得的右翼科学家。
就这样，山本正夫成了一名东京帝国大学的副教授，化名伊东二郎，在一名军方特派员的陪同下，开始了欧美等国家的求学之旅。
当然，那名军方特派员是作为他的助手和随从一起的，对山本也十分恭敬，生活起居照料的无微不至。
不过，山本正夫偶尔也会流露出一些唏嘘之意——此时他的已不再那么单纯了，他想，这位随从一定还接受了另一条秘密指令：一旦自己流露出丝毫可疑，便会决绝的抹杀自己。
山本正夫的游学，历时两年八个月，同之前的申请相比不可谓不长，不过，在这期间，山本正夫也是成绩斐然，源源不断的把他在西方学到的生物学、化学、病毒细菌方面的先进情报传回了国内。
虽然病毒项目的研究耽搁了，可因为山本正夫传回的情报，秘密基地的一帮人在细菌武器方面的研究却取得了几项傲人的成果，军部高层干脆听之任之，甚至大有改变原本的计划，培养他成为一名科研间谍的想法。
因此在这段时间内，他还受到了一些严格的间谍训练，练习使用了几个不同的身份。
山本正夫一共采购了两种设备，一种是手套式隔离操作箱，在一个密闭的玻璃箱上做出两个圆孔，圆孔上密封镶嵌两个塑胶手套探入箱中，箱体内便成了一个完全与世隔绝的密闭空间。
工作时只需将两手深入手套中，即可操作箱内事先准备好的设备和病毒样本。这种隔离箱只需一次性把病毒样本放入，后期无需再进行暴露式操作，大大减少了病毒传播的可能性。
另外一种原理相同，也是隔离箱式操作台，更为先进的地方在于，箱内的设备仪器均为特制，工作时采用金属手臂操弄各种仪器设备。因此，在隔离箱外还可以多加几层隔离墙，研究人员只需操弄那些金属摇臂即可完成实验动作。
第二种设备更为安全可靠，不过造价高昂，而且金属手臂配备的特制仪器设备种类较少，一定程度上不利于扩大研究范围。
带着大量先进知识和设备回归的山本正夫，很快成为了秘密基地中的核心成员之一，也接触到了更多骇人听闻的实验内容。
早在第一位佛系负责人被暗杀后，没过多久他们便开始了活人实验。一些无亲无故的死刑犯、流浪汉，被秘密带到实验基地，成为实验的对象。
因为尝试抽取病毒样本进行活体实验，又有五名研究人员感染身亡，那份病毒样本成了不可靠近的禁忌之物。
军方负责人自然不会甘心，迫于无奈，研究人员只得尝试去提取一些感染者的身体组织，移植到活人实验对象身上，这种方法成功率很低，每一百人次实验，才会有一名实验对象被感染。
这种病毒的传播方式实在匪夷所思。山本正夫想了想，随即陷入了深深的道德与伦理的旋涡之中，几乎有两个月的时间他无法正常思考和工作，把一种尚属未知，且会引起人基因突破的病毒，用于活体实验，无论从哪个角度看，都是极其错误的。
他甚至后悔把那些设备带回来，不知不觉自己竟成了帮凶。
山本正夫的退缩，对于整个项目的推进几乎没什么影响，军方早就笼络了大批的毫无道德和伦理可言的科研人员，只要把那些先进设备给他们，由他们继续从事活人实验即可。
这个时期的山本正夫显得异常焦虑、矛盾，不过他这种焦虑和矛盾主要是自己折磨自己，并没有引发他与军方负责人之间的争执，更多的表现为一种消极怠工罢了。
对于山本正夫的消极，军方的表现也出乎意料的宽容，起初他们采取了放任自流的策略，听凭山本正夫沉浸在自我怀疑和消极的情绪中，缓过一段时间，又开始给他“投喂”一些症状奇特的病例样本、研究报告，山本正夫很吃这一套，他很容易被那些稀奇古怪的病例、症状奇特的病体样本吸引。
等到时机成熟，他们又派出了几名老军医对他加以引导——
唔，山本君呀，年纪轻轻不该这么消极啊，我们这些老朽，没有力量和精力去争执什么，你可不能放弃啊。
是啊，说起来，那些人的实验我们也实在看不过去，可不能由着他们这样干下去啊。
那些家伙总是说什么，纯粹的科学是没有道德和伦理可言的，话是有几分道理，可在一些方法和过程中，也是应该有所注意才对。
说到底，还是科学家自身的道德问题，无关科学本身。
嗯，有道理，而且军部高层也有一部分人，他们对这个神秘的病毒也是怀有建设性的态度的，他们希望从对人类有益的角度入手来研究它，破解它。
是这样的，而且，山本君还有你之前的导师，不也是如此认为的吗？如果能够驯服这种病毒就好了，发挥它对人类有益的一面，强健我们的体魄，提升我们的智力，不只是对于大和民族，对于整个人类，都是一次了不起的创举啊。山本君，这将会迎来人类的再一次进化啊。
哈哈，是啊，是啊，先生这话说的，我们都有些飘飘然了，如果真是那样，我们该算是什么呢？
是伊邪纳岐，伊邪那美那样的大神吧？哈哈哈哈。