四人商议在京口、广陵两地起兵反桓。
京口有刘裕亲自坐镇，他在北府军声望极高，麾下有刘钟、孟怀玉、孙处、到彦之，还有沈家兄弟，这些人都视刘裕为主公，愿意为其效死。
至于广陵，除了孟昶之外只有刘裕异母弟、征虏府中兵参军刘道规，实力远不如京口。京口与广陵隔着长江，刘裕亦无法调兵前往广陵。
何无忌笑道：“征虏中兵参军属(1)刘毅与仆素善，曾与仆言及讨桓之事，称德舆为天下英雄，愿随德舆反桓。”
刘裕大喜，道：“希乐(刘毅字)向有大志，勇力过人，有他相助，大事可成。无忌，你可随孟兄一同前往广陵，与道则(刘道规字)、希乐暗中准备，随时准备举事。”
何无忌虽然不及刘裕声威，但他是刘牢之的外甥，在北府军中号召力极强。
许多事刘裕不便直接出面，何无忌是白身，刘裕便让他出面游说、拉拢反桓之士。
“此次仆进京，与弘农太守王睿、前河内太守辛扈兴、振威将军童厚之等人相见，这些人对桓玄篡逆都大为不满，一旦京口、广陵举事成功，可在建康作为内应。”何无忌道。
孟昶因刘迈而失进，对刘迈恨之入骨，此次反桓生死莫测，决定拉刘迈下水，道：“刑狱参军刘迈是刘毅的大哥，可派人送信给他，让刘迈作为京中内应。”
刘裕道：“豫州参事诸葛长民是愚的好友，此次进京愚与其见过面，观其言行可知对桓玄亦怀不满，可说其在历阳起事，杀死刁逵。届时京口、广陵、历阳三路齐进，京中又有内应，桓玄插翅难逃。”
安排已定，各自行动。孟昶与何无忌同到广陵，对刘道规表明反桓之事，刘道规赞同。何无忌又说动刘毅，同时孟昶得妻子周氏相助，尽出家财收买军中将士，购买辎重。
历阳城，诸葛长民答复刘裕，届时愿在历阳举兵杀死刁逵，呼应京口、广陵起军。
何无忌从广陵返回家中，深夜藏于屏风之上书写檄文。何无忌之母乃刘牢之之姐，看儿子每日忙碌，早已猜出几分。
刘牢之身死，刘氏对桓玄怀恨在心，见儿子准备反桓，泣道：“汝能为舅报仇，娘再无遗恨。”
得知刘裕同谋，刘氏喜道：“刘、德舆当世人杰，大事可成，桓玄必败。”
万事俱备，刘裕等人把起军时间定在二月二十八日，京口、广陵、建康、历阳同时举事。
二月二十七日，刘裕出城游猎，随行二十七人，还有不知真像军兵百余人跟随。
二月二十八日，卯初时分城门开放，何无忌身穿传诏服，冒充建康敕使朝刺史府前去，檀凭之、檀道济、臧穆生、魏欣之等人护卫在他身边，大声呼喝避让。
沿途遇到的官吏皆信以为真，驻足观看。桓修听到禀报天子传诏，忙命人摆香案前来迎接。
臧熹族子臧穆生看到桓修，抢步上前抽刀便刺。桓修毫无防备，当即倒地身死。臧熹，刘裕妻臧爱亲之弟。
主簿魏咏之挺身而出，高呼道：“江州郭刺史奉乘舆反正于寻阳，我等奉密诏诛除逆党，诸君稍安勿躁，等候刘内史安排。”
刘裕已经收到斩杀桓修的消息，让随从的孟怀玉、臧熹、檀韶、向靖、管义之、沈林子兄弟等人渡江前往广陵支援。
安排妥当，刘裕驰入京口，看到伏尸地上的桓修，放声痛哭，甚为悲痛，府中官吏皆以为刘裕并不知情。
抚军司马刁弘驻扎在城南，得知京口动乱的消息，忙带了文武佐官率军赶赴京口，发现城门已然关闭。
刘裕站在城头，望着下面的兵马道：“天子复位，下诏诛杀反逆，桓玄已死，京城已经重归晋室，诸君皆是大晋之臣，莫非还想附逆不成？”
城下一阵骚乱，桓玄篡位原本不得人心，不少人信以为真，悄然离开。刁弘见势不妙，率众退走。
二十八日，广陵。主簿孟昶昨日说动刺史桓弘出城游猎，卯时城门开放，刺史府官员先行出发前往猎场，桓弘辰时才起身，正在宅中吃早饭。
孟怀玉等人渡江来到广陵，与刘道规、孟昶等人会面，得知京口已经得手，刘道规领着众人直闯刺史府，斩杀了桓弘，广陵易主。
已正时分，刘道规、刘毅率众渡江前往京口与刘裕等人会合，按照计划合军攻打建康。
刘裕看到广陵的兵马超过千人，当即命刘毅率军讨伐刁氏。刁家三兄弟，家主刁逵，豫州刺史；老二刁畅，右卫将军；老三刁弘，抚军司马，兄弟三人都得桓玄信任。
不久前刁弘率军想要夺回京口城，被自己谎言骗走。而且刁家在京口广置产业，家中奴婢数以千计，影响甚大，一理刁弘识破谎言，很可能卷土重来，不如先下手为强。
先灭刁氏，能稳定京口形势，而且刁家家产丰厚，可以充装军用，激励将士。当然，也可顺便报复一下当年之辱。
刁弘从京口城回归家中，二哥刁畅正好也在。刁畅从刁弘嘴中得知刘裕夺取京口，江州刺史郭昶之奉天子复位，建康城重归晋室的消息，疑道：“愚三日前从京中而来，未曾听闻江州之事，莫非刘裕虚言欺骗。”
派出家人外出打探消息，待得知刘道规、孟昶在广陵杀死桓弘，方知刘裕是想在京口、广陵起军。
急忙组织部曲，发放军械，想要起兵对抗刘裕，此时刘毅已率军杀至。刘毅所部是北府精况，刁家部曲很快战败，刁畅、刁弘被杀，身在家中的刁云、刁锋等人亦被斩杀。
不到子时，刁家便覆灭，京口已定。刘裕尽起刁家粮帛犒军，刁家积财如山，多不可数。刘裕下令将刁家财物堆积庄中，让百姓自去取用，居然数日取之未尽。
京口百姓欢天喜地，对刘裕义军大为拥戴，纷纷投身入伍，一个时辰不到便募得青壮一千多人(2)。
对于刘裕来说，时间便是生命，募军的同时刘裕招揽才力之士助己。何无忌推举刘穆之为主薄，处理文案事宜。
刘穆之住在城外，听到京口城内嘈杂声起，奔到路口观望形势。正好刘裕招揽他的信使来到，刘穆之思之再三，率家族追随刘裕讨桓。
刘简之素有才干，刘裕起事之前就想邀其加入，可是两度前往都遇刘简之招待宾客，无奈只得回返。刘简之见刘裕两度前来，发觉不对，命其弟刘虔之前往京口拜访刘裕。刘虔之赶到京口时，刘裕已经占据京口，刘简之闻报，宰杀家中耕牛募聚青壮，饱餐之后率领他们加入义军。
东海徐羡之，与刘裕是好友，得知刘裕起义军，前来投奔；刘怀肃，刘裕从母弟，任费县令，弃官来投；刘怀肃之弟刘怀慎亦来投奔；刘粹，刘毅族弟，素有才名，刘裕派人相邀，刘粹欣然来投。
刘裕知道抚军参军朱龄石以武勇着称，与桓修情如兄弟。桓修已死，刘裕命人厚葬，派人前去请朱龄石相助。
使者来到朱龄石住处，发现早已人去屋空，回报刘裕，刘裕以为朱龄石不满其杀桓修才弃官而逃，感叹几声亦不追寻。
长江之上，朱龄石站在船头望着京口方向愁眉不展，黄富上前道：“石郎君，船要开动了，请回舱中歇息吧。”
朱龄石叹道：“此一别，不知还能否再回京口。”
黄富充满信心地笑道：“我家主公英明神武，胸怀远略，心存仁德，定能平定四方，安定天下。”
此次奉命前来京口，黄富对杨安玄算无余策深为佩服，京口刘裕果如主公所料兴军讨桓。
得到消息之后，暗潜在京口丁全直奔朱龄石家中，他曾随孟龙符与朱龄石在一起喝过酒。丁全将刘裕是杀死桓修主使告诉朱龄石，邀朱龄石前往襄阳。
朱龄石原本以为是何无忌杀人与刘裕无关，待得知实情披甲上马要去斩杀刘裕报仇。广陵刘毅等人率军赶至，朱龄石知道已无能为力，只得同丁全前往码头。
丁全将朱龄石送上黄富的船，继续留在京口不提。
京口、广陵起事一帆风顺，然而建康内应却出了问题。
刘裕听孟昶所言派人暗中联络刘迈在京中起事，刘迈应允，因他在京中地位高于王叡等人，王叡、王懿、辛扈兴、童厚之等人便推举刘迈为首领。
众人暗中商议，因为桓玄喜欢游猎，经常冒夜出入，可以找准机会暗杀。
二月二十六日，刘裕派陈留周安穆前往京城通知刘迈等人起义的时间，刘迈震惧不已，惊惶现于颜面。
周安穆见状，认为刘迈难以成事，迅速返还京口报告刘裕。
二月二十七日，朝庭下诏以刘迈为竟陵太守。刘迈思之再三，认为正好借机脱身，准备连夜乘船前往竟陵。
恰逢桓玄想了解北府军的情况，夜间让人送了封信给刘迈，问及北府军的情况，以及他最近见刘裕说了什么？
刘迈吓破了胆，以为阴谋已经泄露，第二天一早便入宫觐见，将刘裕等人要在京口、广陵、历阳等地起事反桓的情报全盘交待。
桓玄惊得魂飞魄散，从东宫返还西堂，命文武百官入居台省，急、诏桓谦、卞范之等亲信前来商讨平叛之事。
惊魂稍定，桓玄下旨加封刘迈为重安侯，命人前去抓拿同谋的王叡、辛扈兴、童厚之等人，王叡的弟弟王懿听到动静不对，乔装从后门逃脱。
等到王叡等人抓住，桓玄下令将刘迈与他们一起斩首，罪名是刘迈没有立刻抓住周安穆，心存观望，不知刘迈黄泉之下做如何想？
桓玄派出信使前往历阳，告知刁逵豫州参事诸葛长民将反，刁逵得信后拿住诸葛长民，关进监牢。
桓谦、卞范之赶到东堂，桓玄将刘裕等人起兵之事告知。桓谦建议火带发兵平定叛乱。
可是桓玄却想以逸待劳，屯军于覆舟山，等刘裕大军到来，届时再以水师偷袭京口，发动三吴士族袭扰京口后方，这样三面合围，刘裕不攻自破。
卞范之力谏不可，赞同桓谦出兵平乱的建议。桓玄下以扬州刺史、新安郡王桓谦为征讨都督，东兴县公殷仲文接替已死桓修为徐兖刺史，让顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷整顿兵马，准备攻打京口。
京口，众人齐聚刺史府大堂，推举刘裕为盟主，掌徐州事；以孟昶为长史，镇京口；檀凭之为司马；刘穆之为主薄；彭城主薄刘钟统率新投军的青壮。
刘裕传檄天下，历数桓玄篡逆，声称江州刺史郭昶之在寻阳拥立天子复位，益州刺史毛璩夺取江陵，雍州刺史杨安玄攻占梁州，镇北参军等人占据石头城，扬武将军诸葛长民夺取历阳。
二月二十九日，刘裕率军西进，占领竹里，山河风云突变，大战一触即发。