这个时候的太平天国也是外部军事虽节节胜利，但是内部矛盾显得极其严重，尤其是东王杨秀清的骄傲专制的作风使得太平天国内部斗争派系极为林立，再也没有以往的团结统一了。东王杨秀清认为自己的功劳功高盖主，不应该只是“九千岁”应该是“万岁”，那个洪秀全也应该要下去了，把这个天王的位置让给他坐，但是这个想法和说的话就被透露了。
杨秀清在一个晚上，拉着他的数名死党来到了自己的东王府，开始了自己的篡位夺权的计划。他说：“现在天国中谁的功劳最大？”死党甲当即拍马屁道：“那自然是东王的功劳最大，看看东王的功劳，从金田开始到现在已有六七年之久，纵观天国内无人可比。”杨秀清听到了这番话，很是满意。再把头转向另外的几名死党问问他们的建议，当然也就是客气一下。死党乙说：“东王现在打算夺权，在下认为也应当到时候了。天王已经不顶事了，该把这个宝座让出来给别人坐了。那自然是给东王坐是最好的。”死党丙开始出馊主意了：“东王倘若要篡位，这件事情其实好办，咱们天国的全名不是叫“天父天兄天王太平天国”吗？天王最信天父了，所以东王可以假冒被“天父”上身，而后将天王骗取过来，告诉他应该退位给东王，如果他不从，那就斩草除根，放出风去，就说天王暴毙而死即可。”杨秀清一听，拍手叫好，双手搭到了死党丙的肩上，激动的说道：“如果此计成了，诸位同僚皆有加官进爵的机会，必不会亏待住位子。”然后剩下的人皆是高喊“仅听东王调遣”。可是这个计划被门外的一个叫陈承镕听过去了。陈承镕思索：“看东王这个架势，是要谋反啊！不行得赶紧告诉天王。”随后他来到了天王府上，告诉了这件事情。
而后，陈承镕冒着被杀头的风险告诉了洪秀全这个事情。洪秀全喝着上好的江宁茶，“噗”的一声喷到了琉璃瓦的地砖上，洪秀全不可思议的说道：“没想到天国中，最先反我的是离我身边最近的东王谋反了，看起来这个家伙留不得了。”陈承镕说：“那天王，我们怎么办？”洪秀全镇静下来之后，他无奈的摇了摇头说：“奉我密诏调北王韦昌辉、翼王石达开和燕王秦日纲进入天京勤王。”当这个消息传到了三个王的大营中，韦昌辉眉头紧皱说：“这个东王这个胆子太大了，平日里作威作福当兄弟的也都忍了。但是在这件事情上由不得他胡闹，来人调遣三千精兵进京宰了这个东王。”立刻他麾下的三千精兵整装待发，打算跟杨秀清打打了。石达开也知道了这个消息，他倒是一副无所谓的样子，因为刚进江宁的时候，他就知道了太平天国内部早就有人会造反了，所以他带着四千五百人的队伍赶赴天京与韦昌辉汇合了。秦日纲还在前线看着清廷会不会反攻，可是这个消息不得不让他回去。燕王秦日纲大怒道：“前方战事吃紧，这个杨秀清他妈的搞什么，不知道天国现在吃紧啊！娘的兄弟们，把东王擒了咱们再回来接着打。”随即带兵回去了。
随后到达城门外部，本来杨秀清已经派了兵马驻守。但是被陈承镕麾下的死士全部干掉，众军在凌晨突袭东王府，东王被杀，东王府内数千男女被杀尽。其后北王以搜捕“东党”为名，大杀异己。众多东王部属在弃械后被杀，平民也不能幸免，随后血洗南京城，约2万余人被屠杀。东王杨秀清在临死之前这么说过：“天国一定不会再造汉家江山的！”说罢，引颈就戮。翼王石达开十余日后到天京，进城会晤北王韦昌辉，责备滥杀之事，不欢而散，连夜匆忙缒城逃出城外。北王未能捉拿翼王，尽杀其家属及王府部属，翼王从安庆起兵讨伐北王，求天王杀北王以谢天下。此时在天京以外的太平军大多支持翼王，北王在势急下攻打天王府，但最终败于效忠天王的将士及东王余众，最终北王韦昌辉于11月2日被杀，其首级被函送安徽石达开营中验收，石达开这个时候已经幡然悔悟了，原来自己苦心积虑为天国打下了大大的疆土结果后来众叛亲离，他这个时候萌发出了一个想法：“自己出去单干，反正太平天国也要完蛋了。倘若被清军抓住了，那就投降于清。”他的这个想法与我的想法如初一辙，我也打算在天京事变时，派遣曾国藩为钦差大臣，进入天京进行一个劝降。随后为了保住自己的位置，洪秀全也把燕王秦日纲以及手下陈承镕杀死，永除后患。
但后来，洪秀全认为是自己操之过急，使得天国内部众叛亲离，在几个月后撤销了东王杨秀清的图谋篡位之名，将杨秀清的死定为“东王升天节”。
但天京事变后，太平天国由胜转衰，再也恢复不到往日之荣光，洪秀全也是十分的懊悔，如果没有东王起事的话，太平天国也能在支持数年有余，结果这一下打破了太平天国内部的军事体系，外部的征战也显得十分吃力。
天京事变后，太平天国内人心开始涣散，军事形势逆转，清军陆续在各战场得胜，太平天国的控制区大为缩小，即使后来太平军攻下江浙一带，形势上一直处于下风。
北王韦昌辉死后，翼王石达开执政，天王洪秀全开始重用其兄弟以牵制石达开，石达开带领大军出走，更令太平天国雪上加霜。
太平天国初期由军师主政的政制，在天京事变及翼王出走后已名存实亡。后期的太平天国，天王虽然掌握了实权，然而当时的政府架构颇为混乱，加速了太平天国的灭亡。
在天京事变中，东王杨秀清、北王韦昌辉先后被杀，翼王石达开出走败亡。天京事变严重地削弱了太平天国的领导和军事力量，成为太平天国由盛转衰的分水岭，天京事变并未损伤太平天国的实力，主要表现在军事力量上。但是，精神和思想层面的损失才是最严重的，天京事变的恶果不是军事兵力的锐减和战斗力的下降，也不是土地的丧失，而是神话宗教体系的崩溃。
当天京事变的消息传到了我的耳中，我异常欣喜彻夜未眠，立刻下令：“调江北、江南两个大营共计三万六千余人收缩包围圈，将太平军围在江浙一带使其不能动弹，在下令湘淮两军清除一切太平天国余孽，以打为主，招降为辅。在亲自去天京城中劝降洪秀全。使其与我大清国联合，共抗外敌。”这个时候的英国和法国加俄国看到了太平天国这个情况，也对他们失去了耐心，本来想着让太平天国搅乱清朝内部，自己好趁虚而入。这下好了清朝内部还没搅乱，自己倒先出大问题了。所以英法俄三国立刻下令撤销一切对太平军的援助，调往国内，太平军现在是雪上加霜了。
我再煽风点火，下了一道《招降太平军之刍议》，以招降太平军为主，他们不过来我也有办法。“如有不想加入清军者，发放白银四十五两发回原籍，子孙后代均可参加科举，入朝为官。加入清军者，赏银六十两，加封三级，将军以上赠府一座，金银细软无数，但仅需一点，每年上贡贡品即可。”这个已经是对做到了仁至义尽了，还没有哪个叛军我给这个待遇。当这个刍议一发，顿时引起了太平军军内的注意，随后，太平军内部反战思潮蔓延，最后衍生为逃跑加入清军大营，并且我们还把他们放回去，让他们去做宣传。找引来更多的人。连洪秀全自己也震惊了，一个晚上跑了两三万人，全部跑到了江北、江南大营里去了。我们也十分欢迎他们来这里，毕竟是一支虎狼之师，好好训练将来打英国和法国应该是绰绰有余的。打沙皇俄国的话，还是交给八旗和乌里雅苏台吧，就不勉强他们了。
说个题外话——其实，洪秀全只是个“精神领袖”。
天国亡于洪秀全。但追溯起来，洪并不是天国的创造者。《李秀成自述》里说：“南王冯云山在家读书，其人才干明白，前六人之中，谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也。”换言之，“开国者”，冯云山也。冯云山囊空如洗进入紫荆山，三年后，当地信徒已达2000余人。期间，被冯云山终日念叨的“教主”洪秀全，始终神龙见首不见尾。直到金田起事前夕，洪一直都未曾在教众面前露面。李秀成说“谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也”，实为天国高层共识。长期以来，洪只是一尊宗教偶像。起事后，战争成为太平军日常事务。军事领袖地位上升，宗教领袖地位下降，是必然之事。来自广东的洪秀全和冯云山不得不在领导班子排序上向广西本土实力派杨秀清和萧朝贵们妥协。结果是：教主洪秀全仍居一把手，冯云山则由二把手退居四把手，杨秀清、萧朝贵分别上升为二、三把手。但一把手洪秀全实际上从未掌握实权，杨秀清总揽了军政大权。日后出师北伐，檄文《奉天讨胡檄》上，居然也只用了杨秀清和萧朝贵的名义，见不到洪秀全的名字。换言之，洪只是“虚君”。
但是，洪秀全并不甘心只做“精神领袖”；杨秀清们也不可能让洪真的拥有“精神领袖”的实质号召力。冲突，于是不可避免。
杨秀清与洪秀全之间的意识形态路线斗争:“金田起事之后，冯云山承认了杨秀清搞的天父下凡的把戏——杨在春天以“上帝附体”方式发言，从此取得了天父代言人的地位，平时位次洪秀全，但当“天父附体”时则超越洪秀全，所说的话具有至高无上的权威。杨的把戏同样是实用性的，与宗教无关。实用派、实力派宗教领袖冯云山的过早战死，改变了太平军中教权与军权之间的比重—偶像派宗教领袖洪秀全在失去冯云山的支持之后，面对军事领袖杨秀清和萧朝贵一而再再而三的“天父下凡”把戏，毫无还手之力，发展至极端，杨秀清甚至敢借“天父下凡”当众打洪秀全的屁股。
杨、萧等人实无真的宗教信仰，当年冯云山运动他们入伙，即丝毫不曾提及宗教。因此，太平军内部，在宗教领袖洪秀全和军事领袖杨秀清等人之间出现路线之争，也就成了理所当然的事情。
这一路线之争的明朗化，最早可以追溯到太平军攻克武昌。进入武昌后，杨秀清曾去拜谒了当地的孔庙。这显然会让高呼“打倒孔妖”的宗教领袖洪秀全相当尴尬。由此，也就开启了杨秀清所主导的儒家路线与洪秀全所主导的上帝教路线之争。
这场意识形态路线之争，其实是世俗权力之争的延伸。缺失了军政事务决策权的洪秀全，自起事之后，便只能将精力转注于宗教领域。作为精神领袖，操纵意识形态是洪秀全对付杨秀清最后的杀手锏。故而，他领导下的删书衙，对当时主流文化儒家学说大加挞伐，对其他宗教甚至民间宗教也严厉打击。
洪的这些过激行为，在天国底层民众中造成了思想混乱，其严厉的排他性，更给总理政务的杨秀清，带来了巨大的工作阻力。杨的反弹方式是借“天父附体”斥责洪秀全。5月，洪秀全禁绝儒学焚烧古书刚刚拉开大幕，杨秀清就借“天父附体”传达指示说：“天命之谓性，率性之谓道，以及事父母能竭其力、事君能致其身，此事尚非妖话，未便一概全废。”
天命之谓性，率性之谓道”出自《中庸》，“事父母能竭其力、事君能致其身”出自《论语》。杨秀清认为这些话不是妖言，不宜全部废除，实际上是敲打洪秀全，对其意识形态工作表示不满。
但洪秀全无视了“天父”的旨意，一意孤行，禁绝儒学和焚烧古书的运动愈演愈烈。正月二十七日傍晚，杨秀清“天父附体”传达旨意的语气变得强硬起来，明确指示：“千古英雄不得除，流传全仗笥中书”；“千古流传之书不可毁弃”；“真心忠正的臣僚传述总要留下”。杨秀清显然已经相当愤怒，几个小时后，“天父”再度下凡，勒令洪秀全必须停止他疯狂的意识形态运动。杨的威吓起到了预想中的震慑效果，此后，再未见洪秀全有大规模焚书的记载，而是代之以删改四书五经的妥协政策。
洪秀全策划“天京事变”，血洗了杨秀清和他的东王府势力。这位天国“精神领袖”，终于心满意足地实现了自己梦寐以求的“政教合一”。但正如杨秀清所评价的那样，洪教主的平庸和短视是致命的。
这个时候我们的任务分开了两步，第一步是去劝降江宁城中的洪秀全余党，还有另外一步是去劝降在四川徘徊的石达开将军，把他们招降了，基本上国内大局已然平定了。